三个月宝宝睡觉摇头，可能与居住环境中的温度、湿度、噪音、光线、卫生状况等有关。此外，也可能是缺乏维生素D、皮肤疾病、耳部不适、神经系统发育不完善等因素导致。
1. 居住环境温度：若室内温度过高，宝宝会感觉燥热、出汗，身体不适就会通过摇头来表达。比如夏季未开空调，室内闷热，宝宝容易摇头。相反，温度过低，宝宝感觉寒冷，也会睡不安稳而摇头。
2. 居住环境湿度：环境湿度过高，空气潮湿，宝宝会觉得黏腻难受；湿度过低，空气干燥，宝宝的呼吸道、皮肤等会感觉不适，都可能引起睡觉摇头。像冬季使用暖气，室内湿度降低，就可能影响宝宝睡眠。
3. 居住环境噪音：周围环境嘈杂，如街道上的车辆声、邻居的装修声等，会干扰宝宝的睡眠，使宝宝处于浅睡眠状态，容易出现摇头的现象。
4. 居住环境光线：睡觉时室内光线过强，会影响宝宝褪黑素的分泌，打乱宝宝的生物钟，导致睡眠质量下降，引起摇头。比如夜间开灯睡觉，就可能对宝宝睡眠产生不良影响。
5. 居住环境卫生状况：如果居住环境不卫生，有灰尘、螨虫等过敏原，宝宝接触后可能引发过敏反应，如皮肤瘙痒、呼吸道不适等，从而导致睡觉摇头。
6. 缺乏维生素D：维生素D缺乏会影响钙的吸收，导致宝宝神经兴奋性增高，出现多汗、易惊、摇头等症状。这在三个月宝宝中较为常见。
7. 皮肤疾病：如湿疹，宝宝皮肤会出现红斑、丘疹，伴有瘙痒，睡觉时会通过摇头摩擦来缓解不适。
8. 耳部不适：外耳道炎、中耳炎等耳部疾病，会使宝宝耳部疼痛、瘙痒或有异物感，睡觉时就会摇头。
9. 神经系统发育不完善：三个月宝宝神经系统还在发育过程中，神经调节功能不稳定，可能会出现不自主的摇头现象。随着宝宝的成长，这种情况通常会逐渐改善。
综上所述，三个月宝宝睡觉摇头的原因是多方面的，居住环境因素起着重要作用，但也可能与其他身体状况有关。家长要注意为宝宝创造一个适宜的居住环境，保持温度、湿度适宜，减少噪音和光线干扰，注意居住环境的卫生。同时，如果宝宝摇头情况持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时带宝宝到正规医院儿科就诊，以明确原因并进行相应的治疗。