排尿时小肚子疼可能由膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、膀胱结石、间质性膀胱炎等因素引起。
1. 膀胱炎：是常见的泌尿系统感染疾病，主要由细菌感染所致。细菌入侵膀胱后，会引发膀胱黏膜的炎症反应，导致黏膜充血、水肿。在排尿过程中，膀胱收缩，刺激到炎症部位，就会产生疼痛感，常伴有尿频、尿急等症状。治疗上，可使用诺氟沙星、环丙沙星、氧氟沙星等抗生素进行抗感染治疗，但需遵医嘱。
2. 尿道炎：通常由沙眼衣原体、淋病奈瑟菌等病原体感染尿道引发。尿道黏膜受到炎症刺激，会出现红肿、疼痛。排尿时，尿液流经发炎的尿道，刺激加剧，从而引起小肚子疼痛，还可能出现尿道分泌物增多、尿道口瘙痒等症状。治疗可选用阿奇霉素、多西环素、米诺环素等药物，具体用药需遵循医生建议。
3. 前列腺炎：多见于成年男性，病因较为复杂，可能与细菌感染、久坐、酗酒等因素有关。前列腺发生炎症时，会出现充血、肿大，压迫周围的神经和组织，排尿时前列腺受到刺激，引起小肚子疼痛，还可能伴有尿频、尿不尽、会阴部坠胀等症状。治疗药物有坦索罗辛、特拉唑嗪、非那雄胺等，使用时需遵医嘱。
4. 膀胱结石：结石在膀胱内移动，会损伤膀胱黏膜，导致黏膜出血、溃疡。排尿时，结石可能会堵塞膀胱出口，引起膀胱内压力升高，刺激膀胱壁，产生剧烈的小肚子疼痛，疼痛可向会阴部放射，还可能出现血尿、排尿中断等症状。较小的结石可通过多饮水、多运动促进排出，较大的结石可能需要手术治疗。
5. 间质性膀胱炎：是一种特殊类型的膀胱炎，病因尚不明确，可能与自身免疫、神经功能紊乱等因素有关。膀胱壁会出现慢性炎症和纤维化，导致膀胱容量减小。患者在排尿时，膀胱内压力变化刺激病变组织，引起小肚子疼痛，且疼痛在憋尿时更为明显，还可能伴有夜尿增多等症状。治疗可使用阿米替林、羟氯喹、肝素等药物，但需在医生指导下进行。
排尿时小肚子疼是由多种原因引起的，不同原因的治疗方法也有所不同。如果出现这种症状，应及时到正规医院就诊，通过相关检查明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。