在我们的认识当中，细菌都是有害的，害人们生病的是细菌，让食物变质发霉的是也细菌，殊不知，在庞大的“细菌家族”里面，还有不少“好菌”。益生菌就是其中的一大类。
正常肠道菌群是人体的重要防御系统，其在生理状态下是良好的刺激原，能够促进肠相关淋巴组织的成熟。寄生于肠道的500余种微生物中，乳酸杆菌、双歧杆菌、梭状芽孢杆菌、枯草杆菌、消化链球菌、埃希杆菌等均属肠道益生菌。目前最常用的益生菌是乳酸杆菌属和双歧杆菌属以及某些种类大肠杆菌和肠球菌。某些非致病性微生物制剂，如酵母菌，虽然不是活菌制剂，但是由于其对健康具有良好的促进作用。现在也归属于益生菌的范畴。
科学家们估计，人体内寄居的细菌种类多达500-1000种，这些细菌的基因组数与人类相当，而基因总数则可能是人体的100倍以上。我们可能不会意识到，在我们走来走去工作、睡觉的时候，肚子里还藏着一个庞大的生态系统。这个生态系统不仅个体数目庞大，还处在永不停息的更新换代中。益生菌，也是这个系统中的组成部分之一。
近年来，益生菌受到了不少商人的推崇，同时也开始慢慢受到越来越多消费者的关注。那么益生菌到底真的如广告上那般厉害呢？美国微生物学会2005年组织了一个益生菌研讨会，会议总结明确指出“迄今为止，绝大多数益生菌在人体中的使用对于疾病处理而言都是预防和支持性的，而不是治疗性的”。
目前的科学研究对于益生菌的认识也还有限，食品药品监管机构也没有可靠的依据来制定产品标准和规范。所以更要求消费者要辩证地看待那些天花乱坠的广告。
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