小便时尿道刺痛常见病因有尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、尿路结石、淋病等。
1. 尿道炎：主要由沙眼衣原体、淋病奈瑟菌、生殖支原体及解脲脲原体等病原体感染尿道所致。感染后，尿道黏膜会出现炎症反应，表现为充血、水肿，在小便时尿液刺激受损的尿道黏膜，就会产生刺痛感。治疗时可遵医嘱使用阿奇霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物。
2. 膀胱炎：多数是由细菌感染引起，如大肠埃希菌。细菌在膀胱内大量繁殖，引发膀胱黏膜炎症，炎症刺激可导致膀胱黏膜敏感性增高。小便时，膀胱收缩，尿液冲击炎症部位，从而引起尿道刺痛。治疗常用药物有头孢呋辛、阿莫西林、诺氟沙星等，需遵医嘱使用。
3. 前列腺炎：多见于成年男性，酗酒、久坐、不规律的性生活等是常见诱因。当前列腺发生炎症时，前列腺会充血、肿大，压迫尿道，并且炎症产生的分泌物可能会混入尿液中，刺激尿道，导致小便时尿道刺痛。治疗可遵医嘱选用坦索罗辛、塞来昔布、前列舒通胶囊等药物。
4. 尿路结石：包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石等。结石在尿路中移动时，可能会划伤尿路黏膜，造成黏膜损伤和出血。小便时，尿液流经损伤部位，就会引起明显的刺痛感。对于较小的结石，可遵医嘱使用排石颗粒、肾石通颗粒等药物促进结石排出；较大的结石可能需要体外冲击波碎石或手术取石。
5. 淋病：是由淋病奈瑟菌引起的一种性传播疾病。该病菌主要侵犯泌尿生殖系统，感染后会导致尿道或宫颈等部位出现化脓性炎症。尿道黏膜受到淋病奈瑟菌的侵袭，出现红肿、糜烂，小便时就会有刺痛症状。治疗可遵医嘱使用头孢曲松、大观霉素、头孢噻肟等药物。
小便时尿道刺痛可能由多种病因引起，不同病因的治疗方法也有所不同。当出现这种症状时，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，明确病因后，在医生的指导下进行规范治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，以促进病情的恢复。