月经少而黑可能由基因变异、内分泌失调、子宫内膜损伤、药物影响、全身性疾病等因素引起。
1. 基因变异：某些基因的变异可能影响激素的合成、代谢以及子宫内膜的生长和脱落过程。例如，与雌激素受体相关的基因发生变异，可能导致雌激素的作用效果改变，使得子宫内膜增生不足，从而出现月经量少且颜色发黑的情况。
2. 内分泌失调：内分泌系统紊乱会影响激素水平。常见的如多囊卵巢综合征，患者体内雄激素水平升高，抑制了排卵，导致雌激素分泌相对不足，子宫内膜生长缓慢，月经量减少，经血在宫腔内停留时间长，颜色就会变黑。甲状腺功能异常也会影响内分泌，甲状腺激素分泌过多或过少，都可能干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，影响月经。
3. 子宫内膜损伤：多次人工流产、刮宫等宫腔操作，可能损伤子宫内膜基底层，导致子宫内膜变薄，月经量减少。此外，子宫内膜结核等疾病也会破坏子宫内膜，使月经量减少且颜色异常。
4. 药物影响：长期服用避孕药等药物，可能影响体内激素的平衡，导致月经量减少。抗抑郁药、抗精神病药等也可能对内分泌系统产生影响，进而影响月经。
5. 全身性疾病：一些全身性疾病如贫血、营养不良等，会导致身体整体状态不佳，影响激素的正常合成和代谢，从而影响月经。慢性疾病如慢性肝炎、慢性肾炎等，可能影响肝脏和肾脏的功能，导致体内激素代谢异常，出现月经异常。
针对月经少而黑的情况，治疗方法因病因不同而异。如果是内分泌失调引起的，可使用戊酸雌二醇、黄体酮、炔雌醇环丙孕酮等药物调节激素水平，但需遵医嘱。子宫内膜损伤导致的，可能需要进行手术修复或使用药物促进子宫内膜生长。全身性疾病引起的，需要积极治疗原发疾病。
月经少而黑背后的原因较为复杂，基因因素是其中之一，但也可能由内分泌失调、子宫内膜损伤、药物影响和全身性疾病等多种因素共同作用导致。出现这种情况时，应及时到正规医院的妇产科就诊，进行详细检查，明确病因后采取针对性的治疗措施。