孕妇喝与不喝双黄连对胎儿畸形的影响差异受多种因素影响，如双黄连成分特性、孕妇孕期阶段、孕妇个体体质、用药剂量与疗程、其他环境因素等。
1. 双黄连成分特性：双黄连主要由金银花、黄芩、连翘组成。虽然这些中药在传统医学中有一定的药用价值，但其中某些成分可能对胎儿发育产生未知影响。例如，金银花含有的绿原酸等成分，在动物实验中发现可能会影响胚胎的某些生理过程，但在人类孕妇中的具体作用尚不明确。
2. 孕妇孕期阶段：怀孕早期是胎儿器官分化形成的关键时期，此时如果孕妇喝双黄连，药物成分可能更容易干扰胎儿正常的细胞分裂和组织器官发育，增加胎儿畸形的风险。而在怀孕中晚期，胎儿大部分器官已基本形成，相对来说对致畸因素的敏感性会降低，但仍可能影响胎儿的生长发育。
3. 孕妇个体体质：不同孕妇的体质存在差异，对药物的耐受性和反应也不同。有些孕妇可能本身肝脏、肾脏等解毒排泄功能较好，喝双黄连后药物能较快代谢排出体外，对胎儿的影响相对较小；而体质较弱或本身存在肝肾疾病的孕妇，药物在体内代谢可能会受到影响，增加药物在体内的蓄积，从而提高胎儿畸形的可能性。
4. 用药剂量与疗程：如果孕妇只是偶尔少量喝双黄连，药物对胎儿的影响可能相对有限。但如果长期大量服用，药物中的成分在体内不断累积，就可能对胎儿产生不良影响，增加胎儿畸形的几率。
5. 其他环境因素：孕妇在孕期所处的环境也会影响胎儿畸形的发生。如果孕妇同时还接触了其他有害物质，如化学毒物、辐射等，即使不喝双黄连，胎儿畸形的风险也可能增加。而喝双黄连可能会与这些环境因素产生协同作用，进一步提高胎儿畸形的可能性。
孕妇喝与不喝双黄连对胎儿畸形的影响差异是多种因素共同作用的结果。由于目前关于双黄连对孕妇及胎儿影响的研究还不够充分，为了胎儿的健康，孕妇在孕期用药需格外谨慎，应尽量避免自行服用双黄连等药物。如果有用药需求，务必在医生的指导下进行。