怀孕遇上流感，胎儿畸形几率是否大增受流感病毒类型、感染孕周、病情严重程度、治疗方式、孕妇自身状况等因素影响。
1. 流感病毒类型：不同类型的流感病毒对胎儿的影响有所不同。例如甲型流感病毒，其变异性强，致病性也相对较高，感染后可能会通过胎盘影响胎儿的正常发育，增加胎儿畸形的潜在风险；而乙型流感病毒相对来说致病性稍弱，但也并非完全没有影响。
2. 感染孕周：怀孕的不同阶段感染流感，对胎儿的影响差异较大。在孕早期，也就是怀孕的前三个月，是胎儿器官分化形成的关键时期，此时感染流感病毒，病毒可能干扰胎儿细胞的正常分化和发育，导致胎儿出现神经管畸形、心脏畸形等问题的几率相对增加。而在孕中晚期，胎儿的大部分器官已经基本形成，此时感染流感，虽然胎儿畸形的几率相对降低，但可能会影响胎儿的生长发育，导致胎儿生长受限等情况。
3. 病情严重程度：如果孕妇感染流感后病情较轻，仅有轻微的咳嗽、流涕等症状，身体自身的免疫系统可能会在一定时间内将病毒清除，对胎儿的影响相对较小。但如果病情严重，出现高热、剧烈咳嗽、呼吸困难等症状，持续的高热可能会影响胎儿的神经系统发育，严重的缺氧等情况也可能对胎儿造成不可逆的损伤，从而增加胎儿畸形或其他不良结局的风险。
4. 治疗方式：孕妇感染流感后的治疗方式也至关重要。合理使用药物可以有效控制病情，减少病毒对胎儿的影响。例如，在医生指导下可以使用奥司他韦、扎那米韦、帕拉米韦等抗病毒药物。但如果治疗不及时或用药不当，不仅可能导致病情加重，还可能因药物的不良反应对胎儿产生不良影响。
5. 孕妇自身状况：孕妇自身的健康状况和免疫力水平会影响流感对胎儿的影响。如果孕妇本身身体素质较好，免疫力较强，感染流感后可能恢复较快，对胎儿的影响也相对较小。相反，如果孕妇本身存在一些基础疾病，如糖尿病、心脏病等，感染流感后病情可能会更加复杂和严重，对胎儿的危害也会相应增加。
怀孕遇上流感，胎儿畸形几率是否大增不能一概而论，受到多种因素的综合影响。孕妇在孕期要注意预防流感，一旦感染应及时就医，在医生的指导下进行规范治疗，以降低流感对自身和胎儿的不良影响。同时，定期进行产检，以便及时发现胎儿的异常情况并采取相应的措施。