来完姨妈第二天同房怀孕几率低，主要与子宫内膜状态、激素水平、卵泡发育情况、排卵时间以及精子存活环境等因素有关。
1. 子宫内膜状态：月经结束第二天，子宫内膜处于较薄的状态。在月经期间，子宫内膜会随着经血一起脱落，刚结束时内膜还未完全修复，不利于受精卵着床。即使有精子与卵子结合形成受精卵，较薄的子宫内膜也难以提供适宜的环境让受精卵扎根生长，从而降低了怀孕的可能性。
2. 激素水平：此时体内的激素水平还未达到促进排卵和支持受孕的状态。在整个月经周期中，激素水平会发生周期性变化。在月经刚结束时，雌激素和孕激素水平相对较低，促卵泡生成素等促进卵泡发育和排卵的激素也尚未大量分泌，这就使得卵巢的排卵功能受到一定抑制，减少了卵子排出的几率，进而降低怀孕概率。
3. 卵泡发育情况：正常情况下，卵泡的发育需要一定时间。月经结束第二天，卵泡大多还处于初始发育阶段，尚未成熟。只有成熟的卵泡才会排出卵子，与精子结合。由于此时卵泡未成熟，没有卵子排出，即使有精子进入体内，也无法完成受精过程，所以怀孕几率较低。
4. 排卵时间：女性的排卵通常发生在下次月经来潮前14天左右。月经结束第二天距离这个排卵时间通常还有一段时间，一般不会在这个时候排卵。当然，也有极少数女性会出现意外排卵的情况，但这种情况比较罕见。大多数女性的排卵具有一定的规律性，在月经刚结束时排卵的可能性极小。
5. 精子存活环境：女性阴道和子宫内的环境在月经结束第二天可能并不利于精子的存活。月经期间，女性的生殖系统会有一定的损伤和炎症反应，虽然月经结束，但这种环境的恢复还需要一定时间。此时阴道的酸碱度、子宫内的黏液等可能对精子有一定的杀伤力，缩短精子的存活时间，减少精子与卵子相遇的机会，从而降低怀孕几率。
综上所述，来完姨妈第二天同房怀孕几率低是多种因素共同作用的结果。不过，女性的生理周期可能会受到多种因素影响而出现波动，如情绪、环境、疾病等，导致排卵时间提前或推后。所以，即使在怀孕几率较低的时期同房，也不能完全排除怀孕的可能。如果没有生育计划，在任何时期同房都应做好有效的避孕措施。