刚怀孕得流感致宝宝畸形，可通过进一步检查确诊、评估畸形严重程度、考虑终止妊娠、孕期治疗及产后治疗等方式处理，还需做好孕期护理。
1. 进一步检查确诊：当怀疑宝宝因孕妇刚怀孕得流感而出现畸形时，需要进行一系列详细的检查来确诊。如超声检查，它可以清晰地观察胎儿的结构，判断是否存在外观上的畸形；羊水穿刺检查，能够分析胎儿的染色体，排查染色体异常导致的畸形；无创DNA检测，通过采集孕妇外周血来检测胎儿的遗传信息，辅助诊断胎儿是否有染色体疾病。这些检查可以更准确地确定胎儿畸形的情况。
2. 评估畸形严重程度：根据检查结果，医生会对胎儿畸形的严重程度进行评估。如果是轻微的畸形，如一些不影响功能和外观的小缺陷，在出生后可能通过简单的治疗或手术就能恢复正常；而严重的畸形，如心脏、脑部等重要器官的严重发育异常，可能会对胎儿的生命和生活质量造成极大的影响。评估畸形严重程度有助于后续制定合适的处理方案。
3. 考虑终止妊娠：对于严重畸形且预后不良的胎儿，经过医生和家属充分沟通后，可能需要考虑终止妊娠。终止妊娠的方式需要根据孕周等情况来选择，早期可能可以通过药物流产，孕周稍大一些可能需要进行引产手术。但这是一个非常艰难的决定，需要综合多方面因素慎重考虑。
4. 孕期治疗：如果胎儿畸形情况相对较轻，且有在孕期进行干预治疗的可能，医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。例如，对于某些先天性心脏病，可能会在孕期通过药物等方式进行一定的干预，以改善胎儿的状况。但孕期治疗需要严格掌握适应证和禁忌证，并且要密切监测胎儿的情况。
5. 产后治疗：对于一些出生后可以治疗的畸形，如唇腭裂、多指（趾）等，在宝宝出生后可以及时进行相应的手术治疗。唇腭裂一般在宝宝3 - 6个月时进行修复手术，多指（趾）手术时间则根据具体情况而定。产后治疗需要多学科团队的协作，包括外科医生、儿科医生、康复医生等，以确保宝宝能够得到全面的治疗和康复。
6. 孕期护理：无论最终采取何种处理方式，孕妇在孕期都需要做好护理工作。要保证充足的休息，避免过度劳累；饮食上要营养均衡，多摄入富含蛋白质、维生素和矿物质的食物，增强自身免疫力；同时要严格按照医生的要求定期进行产检，密切关注自身和胎儿的情况。
刚怀孕得了流感导致宝宝畸形是一个令人担忧的情况，但通过进一步检查确诊、评估畸形严重程度、合理考虑终止妊娠、积极进行孕期或产后治疗以及做好孕期护理等措施，可以最大程度地保障孕妇和胎儿的健康。孕妇在遇到这种情况时，应及时就医，与医生充分沟通，根据具体情况选择合适的处理方案。