吃益生菌拉肚子，不一定是肠道疾病的信号，可能是正常的肠道调节反应、益生菌不耐受、肠道菌群失衡、食用方式不当、本身存在肠道疾病等因素导致。
1. 正常的肠道调节反应：益生菌进入肠道后，会与肠道内原有的菌群相互作用，在这个过程中，肠道蠕动可能会加快，从而导致短时间内出现拉肚子的现象。这其实是肠道在适应新的菌群环境，一般在持续服用几天后，这种症状会逐渐缓解。
2. 益生菌不耐受：部分人群的肠道较为敏感，对益生菌中的某些成分可能存在不耐受情况。当摄入益生菌后，肠道会出现应激反应，表现为拉肚子。这种不耐受可能与个体的体质差异有关，不同人对不同种类的益生菌反应可能不同。
3. 肠道菌群失衡：虽然益生菌有助于调节肠道菌群，但如果在服用益生菌之前，肠道菌群已经严重失衡，在补充益生菌的初期，可能会因为新老菌群之间的竞争，导致肠道功能出现短暂紊乱，进而引起拉肚子。
4. 食用方式不当：如果在食用益生菌时，没有按照正确的方法，比如用热水冲服，高温可能会破坏益生菌的活性，使其无法正常发挥作用，甚至可能会产生一些有害物质，刺激肠道，引起拉肚子。另外，同时食用了辛辣、油腻等刺激性食物，也可能影响益生菌的效果，导致肠道不适。
5. 本身存在肠道疾病：如果本身患有肠炎、肠易激综合征等肠道疾病，肠道黏膜已经处于受损状态。即使服用益生菌，也可能因为肠道功能尚未恢复，无法很好地适应益生菌的作用，从而出现拉肚子的症状。这种情况下，拉肚子可能是肠道疾病本身的表现，而不仅仅是服用益生菌的原因。对于肠炎，可以使用诺氟沙星、左氧氟沙星、黄连素等药物进行治疗；对于肠易激综合征，可使用匹维溴铵、曲美布汀、复方枸橼酸阿尔维林软胶囊等药物。但用药都需遵医嘱。
吃益生菌拉肚子不一定意味着患有肠道疾病，可能是多种因素共同作用的结果。如果拉肚子症状较轻且在短时间内缓解，可继续观察。但如果症状持续不缓解或伴有腹痛、发热等其他不适症状，建议及时到正规医院的消化内科就诊，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。