三个月不来月经与正常月经在生理周期、激素水平、子宫内膜状态、排卵情况、身体症状等方面存在明显差距。
1. 生理周期：正常月经具有周期性，一般21 - 35天来一次，平均28天，经期持续2 - 8天。而三个月不来月经打破了这种规律，生理周期出现严重紊乱，可能提示身体的调节机制出现了问题。
2. 激素水平：正常月经周期中，雌激素、孕激素等激素会呈周期性变化。雌激素在卵泡期逐渐升高，促进子宫内膜增生；排卵后孕激素水平上升，使子宫内膜转化为分泌期。三个月不来月经时，激素水平可能失衡，比如雌激素持续处于低水平，或孕激素缺乏，这可能是下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能异常导致的。
3. 子宫内膜状态：正常情况下，月经是子宫内膜周期性脱落形成的。在月经周期中，子宫内膜会经历增生期、分泌期和月经期。三个月不来月经，子宫内膜可能持续处于增生状态，缺乏周期性的剥脱，长期如此可能导致子宫内膜增厚，增加子宫内膜病变的风险。
4. 排卵情况：正常月经周期通常伴随着排卵，排卵一般发生在下次月经来潮前14天左右。三个月不来月经可能意味着排卵出现异常，可能是不排卵或者稀发排卵。排卵异常会影响受孕几率，导致生育困难。
5. 身体症状：正常月经期间，可能会有轻微的腹部不适、乳房胀痛等症状，但通常不影响日常生活。而三个月不来月经，可能会出现一系列其他症状，如潮热、盗汗、情绪波动、失眠等，这与激素水平变化有关。此外，还可能出现多毛、肥胖等表现，提示可能存在内分泌疾病，如多囊卵巢综合征。
6. 疾病风险：长期月经不调，如三个月不来月经，会增加一些疾病的发生风险。比如，雌激素长期刺激子宫内膜而无孕激素拮抗，会增加子宫内膜癌的发病风险；同时，排卵异常可能导致不孕不育，给患者带来心理和生理上的双重压力。
7. 对健康的整体影响：正常月经是女性身体健康的重要标志之一。三个月不来月经可能反映出身体存在其他潜在的健康问题，如甲状腺功能异常、肾上腺皮质功能亢进或减退等。这些疾病不仅会影响生殖系统，还会对全身各个系统的功能产生不良影响。
综上所述，三个月不来月经与正常月经在多个方面存在显著差距。这种月经异常可能是身体发出的警示信号，提示存在内分泌失调、生殖系统疾病或其他全身性疾病。一旦出现三个月不来月经的情况，应及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。