运动后膝盖疼选药需考虑多种因素，包括损伤类型、疼痛程度、药物作用机制、药物副作用、是否有其他基础疾病等。
1. 损伤类型：运动后膝盖疼可能由多种损伤引起。如膝关节扭伤，多因运动中突然扭转导致韧带损伤；滑膜炎，常因过度运动使滑膜受到刺激产生炎症；骨关节炎，长期运动磨损关节软骨引发。对于膝关节扭伤，可选择具有活血化瘀作用的药物；滑膜炎则需使用能抗炎消肿的药物；骨关节炎可能要选用营养关节软骨的药物。
2. 疼痛程度：轻度疼痛时，可选用非甾体类抗炎药，如布洛芬、阿司匹林、萘普生等。这些药物能抑制前列腺素的合成，起到解热、镇痛、抗炎的作用。中度疼痛可能需要更强效的药物，如双氯芬酸等。而重度疼痛可能需要联合使用其他辅助药物来增强止痛效果。
3. 药物作用机制：不同药物作用机制不同。外用药物如双氯芬酸二乙胺乳胶剂，通过皮肤渗透直接作用于疼痛部位，能快速缓解局部疼痛和炎症。口服的氨基葡萄糖可以补充关节软骨中的营养成分，促进软骨修复和再生，适用于骨关节炎等软骨损伤疾病。硫酸软骨素也有类似作用，能减少关节软骨的磨损，改善关节功能。
4. 药物副作用：所有药物都可能有副作用。非甾体类抗炎药可能会引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、胃痛等，长期使用还可能增加消化道溃疡和出血的风险。一些药物可能对肝肾功能有一定影响，在选药时需要考虑自身肝肾功能情况。如果本身有胃肠道疾病，可选择对胃肠道刺激较小的药物剂型或同时使用保护胃黏膜的药物。
5. 是否有其他基础疾病：如果患者同时患有其他基础疾病，选药时需要谨慎。例如，患有高血压的患者，某些药物可能会影响血压，在使用前需要咨询医生。糖尿病患者使用药物时要注意药物对血糖的影响。有凝血功能障碍的患者，要避免使用可能影响凝血的药物。
运动后膝盖疼选药是一个综合考虑的过程，要根据损伤类型、疼痛程度、药物作用机制、药物副作用以及是否有其他基础疾病等因素来选择合适的药物。在选药过程中，务必遵医嘱，不要自行盲目用药。如果膝盖疼痛持续不缓解或加重，应及时到正规医院就诊，进行详细的检查和诊断，以便制定更合理的治疗方案。