影响12岁男孩身高体重的5种疾病有生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症、性早熟、慢性胃肠道疾病、先天性心脏病等。
1. 生长激素缺乏症：是由于腺垂体合成和分泌生长激素部分或完全缺乏，或由于结构异常、受体缺陷等所致的生长发育障碍性疾病。生长激素是促进骨骼生长和肌肉发育的关键激素，缺乏该激素会导致身高增长缓慢，骨骼成熟延迟。治疗上可使用重组人生长激素等药物进行替代治疗，需在专业医生指导下使用，同时要定期监测甲状腺功能、血糖等指标。
2. 甲状腺功能减退症：甲状腺激素对人体的生长发育、新陈代谢起着重要作用。当甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足时，会导致机体代谢降低。患儿会出现生长发育迟缓、身材矮小、智力发育落后等情况。治疗主要是补充甲状腺激素，常用药物有左甲状腺素钠片等，治疗期间要定期复查甲状腺功能，根据检查结果调整药物剂量。
3. 性早熟：指男孩在9岁前出现第二性征发育。性早熟会使骨骼提前闭合，影响最终身高。体内性激素水平过早升高，会加速骨骼生长，但也会缩短生长周期。治疗药物有曲普瑞林、亮丙瑞林等，通过抑制性腺轴的功能，延缓骨骼成熟。
4. 慢性胃肠道疾病：如慢性肠炎、胃溃疡等，会影响食物的消化和吸收。胃肠道是营养物质消化和吸收的主要场所，当胃肠道功能受损时，营养物质不能被充分吸收，导致身体缺乏生长发育所需的能量和营养，从而影响身高和体重增长。治疗时，针对不同病因使用相应药物，如阿莫西林、克拉霉素用于根除幽门螺杆菌，奥美拉唑抑制胃酸分泌等。同时要注意饮食调整，避免食用辛辣、刺激性食物。
5. 先天性心脏病：心脏是人体血液循环的动力器官，先天性心脏病会导致心脏结构和功能异常，影响血液循环，使身体各组织器官得不到充足的氧气和营养供应，从而影响生长发育。治疗方法根据病情而定，部分患儿可通过介入治疗封堵缺损，严重者可能需要进行外科手术修复心脏畸形。
12岁男孩正处于生长发育的关键时期，生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症、性早熟、慢性胃肠道疾病、先天性心脏病等疾病都可能对其身高体重产生不良影响。家长应密切关注孩子的生长发育情况，若发现异常，及时带孩子到正规医院就诊，明确病因，积极治疗。治疗过程中要严格遵医嘱用药，定期复查。