怀孕三个月肚疼似痛经，可能是生理性子宫增大、先兆流产、宫外孕、肠胃问题、泌尿系统疾病等原因导致，需根据不同情况处理。
1. 生理性子宫增大：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会对周围的组织和韧带造成牵拉，引起类似痛经的疼痛。这种疼痛通常比较轻微，休息后可缓解。一般不需要特殊治疗，孕妇要注意休息，避免剧烈运动和长时间站立。
2. 先兆流产：先兆流产可能会出现腹痛、阴道流血等症状。其原因可能与胚胎染色体异常、母体疾病、内分泌失调等有关。一旦怀疑是先兆流产，应立即卧床休息，避免性生活。可在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、固肾安胎丸等药物进行保胎治疗。
3. 宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外着床，最常见的是输卵管妊娠。随着胚胎的生长，可能会导致输卵管破裂，引起剧烈腹痛和大量出血。宫外孕需要及时治疗，常用的治疗方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗可使用甲氨蝶呤等，手术治疗则包括输卵管切除术、保守性手术等。
4. 肠胃问题：孕期肠胃功能会发生一定变化，若饮食不当，容易出现肠胃炎、肠痉挛等肠胃问题，导致腹痛。肠胃炎可由细菌、病毒感染或食物过敏等引起，肠痉挛则可能与腹部受凉、进食过快等有关。孕妇要注意调整饮食，避免食用辛辣、油腻、生冷等刺激性食物。症状较轻时，可通过热敷腹部缓解疼痛；症状严重时，可在医生指导下使用双歧杆菌四联活菌片、蒙脱石散、健胃消食片等药物治疗。
5. 泌尿系统疾病：如尿道炎、膀胱炎等泌尿系统感染，也可能导致腹痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。泌尿系统感染主要是由细菌感染引起的。孕妇要多喝水，增加尿量，冲洗尿道。可在医生指导下使用头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊、三金片等药物治疗。
怀孕三个月肚疼似痛经的原因较为复杂，有生理性因素也有病理性因素。孕妇遇到这种情况不要惊慌，应仔细观察疼痛的性质、程度和伴随症状。若疼痛较轻且休息后缓解，可先在家观察；若疼痛持续不缓解、加重或伴有阴道流血、发热等其他异常症状，应及时前往正规医院就诊，以便明确病因，采取针对性的治疗措施，保障孕妇和胎儿的健康。