HPV四价和九价在预防效果上存在差异，主要体现在预防病毒类型、预防疾病种类、适用人群范围、预防效力高低、接种程序不同等方面。
1. 预防病毒类型：HPV四价疫苗主要预防HPV6、11、16、18型病毒感染。其中，HPV6和11型与尖锐湿疣等良性病变相关，HPV16和18型是导致宫颈癌的主要高危型病毒。而HPV九价疫苗能预防HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58型病毒，相比四价，增加了更多高危型病毒的预防。
2. 预防疾病种类：四价疫苗可预防由HPV16、18型所致的宫颈癌、2级和3级宫颈上皮内瘤样病变以及原位腺癌，还能预防HPV6、11型引起的生殖器疣。九价疫苗除了能预防四价疫苗可预防的疾病外，还能预防更多由其他高危型HPV病毒引起的宫颈癌、阴道癌、外阴癌、肛门癌等多种癌症，以及相关的癌前病变。
3. 适用人群范围：四价疫苗适用于20 - 45岁的女性。九价疫苗在我国目前适用于16 - 26岁的女性。不同的适用年龄范围，使得不同年龄段的女性在选择疫苗时需要根据自身情况来决定。
4. 预防效力高低：从预防效力来看，九价疫苗由于能预防更多类型的HPV病毒，理论上对相关疾病的预防效力相对更高。四价疫苗对主要的高危型病毒有较好的预防作用，但覆盖范围相对较窄。不过，即使接种了疫苗，也不能完全排除感染其他未覆盖型别HPV病毒的可能。
5. 接种程序不同：两种疫苗都需要接种三针。四价疫苗的接种程序是第0、1、6个月分别接种一剂。九价疫苗的接种程序同样是第0、1、6个月接种，但由于其研发和推广的情况不同，在一些地区的接种安排可能会因疫苗供应等因素而有所差异。
HPV四价和九价疫苗在预防效果上各有特点。四价疫苗能满足大部分女性对常见高危型HPV病毒的预防需求，适用年龄范围较广。九价疫苗预防的病毒类型更多，预防疾病的种类更丰富，预防效力理论上更高，但适用年龄范围相对较窄。女性可根据自身年龄、经济状况等因素，在医生的指导下选择适合自己的HPV疫苗进行接种，同时仍需定期进行宫颈癌筛查。