新生儿时不时咳嗽两声，可能是环境因素、吞咽功能不完善、呼吸道感染、过敏以及胃食管反流等原因导致。
1. 环境因素：新生儿呼吸道较为敏感，当所处环境中有刺激性物质，如灰尘、烟雾、香水味等，或者空气过于干燥、寒冷，都可能刺激新生儿的呼吸道黏膜，引发咳嗽。例如在冬季，室内使用暖气，空气湿度降低，就容易导致新生儿咳嗽。保持室内空气清新、湿润，可使用空气净化器和加湿器来改善环境。
2. 吞咽功能不完善：新生儿的吞咽功能尚未发育成熟，在吃奶过程中，可能会有少量奶液残留在咽喉部，刺激喉部神经，引起咳嗽。这种情况较为常见，一般随着新生儿月龄的增长，吞咽功能逐渐完善，咳嗽症状会自然缓解。喂奶后可将新生儿竖着抱起，轻拍背部，帮助排出胃内气体，减少奶液反流。
3. 呼吸道感染：病毒、细菌等病原体感染新生儿的呼吸道，引发上呼吸道感染、支气管炎等疾病，也会导致咳嗽。除了咳嗽，还可能伴有发热、流涕、鼻塞等症状。治疗时，若为病毒感染，一般可自愈，可使用生理盐水滴鼻缓解鼻塞；若为细菌感染，可遵医嘱使用阿莫西林、头孢克洛、阿奇霉素等抗生素进行治疗。
4. 过敏：如果新生儿是过敏体质，接触到过敏原，如花粉、动物毛发、尘螨等，可能会引起过敏反应，出现咳嗽症状。同时，还可能伴有皮疹、瘙痒等表现。应尽量避免新生儿接触过敏原，症状严重时，可遵医嘱使用氯雷他定、西替利嗪、孟鲁司特钠等抗过敏药物。
5. 胃食管反流：新生儿的食管下括约肌发育不成熟，胃内容物容易反流至食管，甚至到达咽喉部，刺激呼吸道引起咳嗽。通常在喂奶后不久出现，有时还会伴有吐奶现象。喂奶后适当抬高上半身，采用少量多次的喂养方式，可减轻胃食管反流的症状。
新生儿时不时咳嗽两声的原因有多种，大部分情况下是生理性的，可通过改善环境、调整喂养方式等方法缓解。但如果咳嗽持续不缓解、伴有发热等其他症状，应及时带新生儿到正规医院就诊，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。