40天孕囊大小异常可能是由多种因素引起，如胚胎发育迟缓、宫外孕、葡萄胎、孕妇内分泌失调、子宫环境异常等。
1. 胚胎发育迟缓：可能由于胚胎自身染色体异常，导致其生长发育速度低于正常水平，从而使40天的孕囊大小不符合孕周。染色体异常可能是在精子或卵子形成过程中发生错误，也可能是受精卵在分裂过程中出现问题。
2. 宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床发育，最常见的是输卵管妊娠。由于输卵管等部位的环境不适合孕囊正常生长，孕囊发育受限，在怀孕40天时会表现出大小异常。宫外孕若不及时处理，可能导致输卵管破裂，引发严重的腹腔内出血，危及生命。
3. 葡萄胎：是一种良性滋养细胞疾病，主要是胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，形成大小不一的水泡，形似葡萄。葡萄胎患者的孕囊通常会比正常孕周大，且血清人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平异常升高。
4. 孕妇内分泌失调：孕妇体内的激素水平对孕囊的发育至关重要。例如，黄体功能不全，导致孕激素分泌不足，无法为孕囊的生长提供良好的内分泌环境，就可能引起孕囊发育异常。甲状腺功能异常，无论是甲亢还是甲减，也会影响胚胎的发育。
5. 子宫环境异常：子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会使宫腔空间受限，影响孕囊的正常生长。子宫内膜过薄或过厚，都会影响受精卵的着床和发育，导致40天孕囊大小异常。此外，子宫肌瘤、子宫腺肌病等子宫疾病，也可能对孕囊的发育产生不利影响。
针对这些情况，治疗方法因病因不同而异。对于胚胎发育迟缓，可根据具体情况补充营养物质，如叶酸、维生素等，部分情况可使用黄体酮等药物进行保胎治疗，但需遵医嘱。宫外孕通常需要手术治疗，如输卵管开窗术、输卵管切除术等。葡萄胎一旦确诊，应及时清宫，并定期监测hCG水平。孕妇内分泌失调可通过药物调节激素水平，如甲状腺素片调节甲状腺功能，黄体酮补充孕激素等，用药需严格遵医嘱。子宫环境异常导致的孕囊大小异常，可能需要手术纠正子宫畸形，或治疗子宫疾病。
40天孕囊大小异常是一个需要引起重视的信号，可能预示着多种疾病。孕妇应及时就医，进行详细的检查，如超声检查、血液检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。早期诊断和治疗对于保障孕妇和胎儿的健康至关重要。