2个月宝宝咳嗽有痰，选择自然疗法还是药物治疗，需考虑病情严重程度、宝宝身体状况、自然疗法的方式、药物的选择、治疗的安全性等因素。
1. 病情严重程度：如果宝宝咳嗽有痰症状较轻，偶尔咳嗽几声，痰液也不多，不影响吃奶和睡眠，精神状态良好，可先尝试自然疗法。若咳嗽频繁剧烈，痰液较多且黏稠，甚至出现呼吸急促、喘息、发热等症状，可能存在呼吸道感染等疾病，此时仅靠自然疗法可能无法控制病情，需及时药物治疗。
2. 宝宝身体状况：2个月宝宝身体各器官发育尚未完善，抵抗力较弱。若宝宝本身身体素质较好，无其他基础疾病，可先采用自然疗法观察。但如果宝宝早产、有先天性疾病或近期身体较为虚弱，病情变化可能较快，应谨慎选择自然疗法，必要时及时药物治疗。
3. 自然疗法的方式：常见自然疗法有增加空气湿度、适当喂水、拍背排痰等。增加空气湿度可使用加湿器，保持室内湿度在50%-60%，有助于湿化气道，稀释痰液。适当喂水可少量多次，让宝宝咽喉保持湿润，利于痰液排出。拍背排痰时，将宝宝侧卧，五指稍屈，握成空心拳，轻轻拍打宝宝背部，从下往上、从外向内，促进痰液松动排出。若这些自然疗法能有效缓解症状，可继续采用。
4. 药物的选择：若需要药物治疗，常用药物有止咳祛痰药、抗生素等。止咳祛痰药如氨溴索、氨溴特罗、愈创甘油醚等，可稀释痰液，促进痰液排出。若考虑细菌感染，可能需使用抗生素，如阿莫西林、头孢克洛、阿奇霉素等。但使用药物必须遵医嘱，根据宝宝具体情况选择合适药物。
5. 治疗的安全性：自然疗法相对安全，一般无明显副作用，但效果可能较慢。药物治疗效果可能较快，但可能存在一定副作用，如抗生素可能引起肠道菌群失调、过敏反应等。因此，在选择治疗方法时，需权衡利弊，确保治疗的安全性。
2个月宝宝咳嗽有痰，选择自然疗法还是药物治疗，需综合多方面因素考虑。病情较轻、宝宝身体状况较好时，可先尝试自然疗法。若病情较重或自然疗法效果不佳，应及时就医，在医生指导下合理使用药物治疗，以确保宝宝健康。