药流和自然流产哪个流得更干净，受妊娠时间、胚胎情况、子宫收缩能力、药物敏感性、个体差异等因素影响。
1. 妊娠时间：妊娠时间对药流和自然流产的效果有重要影响。若妊娠时间较短，比如怀孕在49天以内，药流时，药物能较好地作用于胚胎，使其从子宫壁剥离并排出，相对来说流干净的可能性较大。而自然流产在妊娠早期，胚胎着床尚不稳定，也可能较容易完全排出。但如果妊娠时间较长，超过了药流适宜时间，药流失败、残留的几率会增加，自然流产也可能因胚胎较大，难以完整排出。
2. 胚胎情况：胚胎自身的发育状况也会决定是否能流干净。如果胚胎本身存在严重的染色体异常等问题，自然流产时可能会比较容易完全排出。而对于发育相对正常的胚胎，药流时可能会因为胚胎与子宫壁连接紧密，导致排出不完全。另外，多胎妊娠无论是药流还是自然流产，残留的可能性都会比单胎妊娠高。
3. 子宫收缩能力：子宫收缩能力强有助于排出妊娠物。药流过程中，米索前列醇等药物可以促进子宫收缩，帮助胚胎排出。若子宫收缩良好，药流流干净的概率会提高。自然流产时，子宫也会通过自身的收缩将胚胎排出体外。但如果子宫收缩乏力，比如产妇有多次分娩史、子宫肌瘤等情况，无论是药流还是自然流产，都可能导致妊娠物残留。
4. 药物敏感性：药流主要依靠米非司酮和米索前列醇等药物。不同个体对这些药物的敏感性不同。对药物敏感的人，药流时药物能充分发挥作用，使胚胎顺利排出，流干净的可能性大。而对药物不敏感者，可能会出现药流不全的情况，需要进一步清宫处理。
5. 个体差异：每个人的身体状况不同，包括子宫内膜的厚度、凝血功能等。子宫内膜较厚的人，药流或自然流产后，内膜剥脱可能不完全，增加残留风险。凝血功能异常者，可能在流产过程中出现出血较多，影响子宫收缩，导致妊娠物排出不畅。
药流和自然流产哪个流得更干净不能一概而论，受到多种因素综合影响。无论选择药流还是发生自然流产，都需要密切关注阴道出血情况和身体症状。如果出现出血时间过长、腹痛加剧等异常，应及时到正规医院就诊，通过超声等检查确定是否有残留，并在医生的指导下进行相应处理。