舌根起泡疼痛可能由多种原因引起，如口腔溃疡、舌乳头炎、疱疹性口炎、创伤以及缺乏维生素等。
1. 口腔溃疡：这是较为常见的原因之一。口腔溃疡可发生于舌根部位，病因与遗传、免疫、精神压力、饮食等因素有关。当口腔黏膜受到损伤，加上身体抵抗力下降时，就容易引发溃疡。溃疡面通常表现为圆形或椭圆形的凹陷，周围充血红肿，会引起明显的疼痛。治疗时可使用冰硼散、口腔溃疡散、重组人表皮生长因子凝胶等药物，能促进溃疡愈合，减轻疼痛，但需遵医嘱使用。
2. 舌乳头炎：舌乳头是舌背上的一些微小突起，当受到局部刺激，如锐利的牙尖、不良修复体、辛辣食物等，或者身体缺乏微量元素、维生素，以及口腔卫生不良等，都可能导致舌乳头炎。发炎的舌乳头会肿大、充血，出现疼痛。治疗可使用氯己定含漱液进行口腔清洁杀菌，同时补充复合维生素B、维生素C等，有助于改善症状，但用药需遵医嘱。
3. 疱疹性口炎：由单纯疱疹病毒感染引起，具有传染性。病毒感染后，舌根部位会出现成簇的小水疱，水疱容易破裂形成溃疡，伴有疼痛、发热、乏力等全身症状。治疗可使用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒药物，以抑制病毒复制，缓解症状，具体用药要遵医嘱。
4. 创伤：进食时不小心咬伤舌根，或者食用过烫、过硬的食物划伤舌根，都可能导致局部起泡疼痛。这种情况下，要注意避免再次刺激受伤部位，保持口腔清洁。一般较小的创伤可自行愈合，也可使用康复新液促进创面修复，但使用药物需遵医嘱。
5. 缺乏维生素：当身体缺乏维生素B族、维生素C等营养素时，会影响口腔黏膜的正常代谢和修复，导致舌根起泡疼痛。日常饮食中应注意均衡营养，多吃富含维生素的新鲜蔬菜和水果。必要时可在医生指导下服用维生素B2片、维生素C片、多维元素片等进行补充。
舌根起泡疼痛的原因多样，不同原因的治疗方法也有所不同。在出现舌根起泡疼痛的症状时，应仔细观察症状特点，结合自身情况初步判断原因。若症状较轻，可先采取一些简单的护理措施和使用合适的药物，但如果症状持续不缓解或加重，应及时前往正规医院的五官科或口腔科就诊，以便明确病因，进行针对性治疗。