宝宝发烧39度吃药无效，可从药物因素、病情因素、护理因素三个方面找原因。药物方面可能是用药剂量不足、药物不对症、药物未起效；病情方面可能是感染未控制、出现新的感染、存在其他基础疾病；护理方面可能是环境温度不适、水分补充不足、穿衣过多。
1. 药物因素
用药剂量不足：如果给宝宝服用的药物剂量低于推荐用量，可能无法达到有效的血药浓度，从而不能很好地发挥退烧作用。例如对乙酰氨基酚、布洛芬等退烧药，需按照宝宝的体重准确计算剂量。
药物不对症：引起宝宝发烧的原因众多，若未明确病因就盲目用药，可能药不对症。比如是病毒感染引起的发烧，使用抗生素类药物就无效。常见的抗病毒药物有利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等。
药物未起效：药物发挥作用需要一定时间，刚服用退烧药不久，可能还未达到起效时间，体温就还未下降。
2. 病情因素
感染未控制：如果宝宝是因细菌、病毒、支原体等感染引起的发烧，感染未得到有效控制，体温就会持续居高不下。如肺炎链球菌感染引起的肺炎，可能需要使用阿莫西林、头孢克肟、阿奇霉素等药物进行抗感染治疗。
出现新的感染：在宝宝发烧期间，身体抵抗力下降，可能会出现新的感染，导致发烧持续或反复。
存在其他基础疾病：宝宝本身存在一些基础疾病，如川崎病、风湿热等，也会导致发烧不退，且普通退烧药效果不佳。
3. 护理因素
环境温度不适：环境温度过高或过低都不利于宝宝散热。环境温度过高，宝宝散热困难，体温不易下降；环境温度过低，宝宝可能会因寒冷而寒战，产热增加，体温也难以下降。
水分补充不足：发烧会使宝宝体内水分散失增加，如果没有及时补充水分，会影响身体的散热功能，导致体温居高不下。
穿衣过多：给宝宝穿过多的衣服或盖过厚的被子，会影响散热，不利于体温下降。
当宝宝发烧39度吃药无效时，需从药物、病情、护理这三个方面仔细查找原因。针对不同的原因采取相应的措施，如调整用药、加强抗感染治疗、改善护理等。若经过处理后宝宝体温仍持续不退或伴有其他异常症状，应及时带宝宝到正规医院儿科就诊，以免延误病情。