月经干净后有褐色分泌物，可能是由生理性因素、内分泌失调、妇科炎症、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等因素引起。
1. 生理性因素：月经后期，宫腔内可能会残留少量经血，这些经血排出较缓慢，在阴道酸性环境作用下就会变成褐色，随后排出体外，这属于正常生理现象，一般持续时间较短，不会伴有其他不适症状。
2. 内分泌失调：长期精神压力大、生活不规律、过度节食等，可能会导致内分泌失调，使激素水平紊乱。雌激素水平不足时，子宫内膜修复不良，就可能出现月经干净后有褐色分泌物的情况。可通过调整生活方式、缓解压力等进行改善，必要时可遵医嘱使用戊酸雌二醇、结合雌激素、尼尔雌醇等药物调节内分泌。
3. 妇科炎症：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎等。炎症刺激会导致阴道或子宫黏膜充血、水肿，容易出现少量出血。血液在阴道内氧化后变成褐色，从而表现为褐色分泌物。治疗时，阴道炎可遵医嘱使用甲硝唑、替硝唑、克霉唑等药物；宫颈炎可使用阿奇霉素、多西环素、氧氟沙星等药物；子宫内膜炎可选用头孢曲松钠、头孢西丁钠、甲硝唑等药物。
4. 子宫内膜息肉：子宫内膜局部过度生长所致，突出于宫腔内。息肉表面的血管丰富，容易破裂出血，导致月经干净后有褐色分泌物。较小的息肉可先观察，部分可自行消失；较大或有症状的息肉，通常需要手术切除，如宫腔镜下息肉摘除术。
5. 子宫肌瘤：是女性生殖器最常见的良性肿瘤。肌瘤可能会影响子宫收缩，导致子宫内膜面积增大，从而引起月经异常，出现月经干净后有褐色分泌物的现象。对于较小的肌瘤，可定期复查；症状明显或肌瘤较大时，可考虑手术治疗，如肌瘤切除术、子宫切除术等。
月经干净后有褐色分泌物可能由多种原因引起，生理性因素通常无需特殊处理，但如果这种情况持续时间较长、伴有腹痛、瘙痒等不适症状，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如妇科检查、B超检查、性激素六项检查等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。同时，女性在日常生活中要注意保持良好的生活习惯和个人卫生，以维护生殖健康。