扁桃体化脓发烧超过5天，可能隐藏的病因有细菌感染未控制、病毒感染、并发症如扁桃体周围脓肿、免疫力低下、特殊病原体感染等。
1. 细菌感染未控制：常见的致病菌为乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引起。若使用的抗生素未能覆盖致病菌，或者细菌产生了耐药性，就会导致感染持续存在，炎症无法有效控制，进而使扁桃体持续化脓，发烧超过5天。治疗上，可遵医嘱更换抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾、头孢呋辛酯、阿奇霉素等。
2. 病毒感染：如EB病毒、流感病毒等感染也可能导致扁桃体化脓和发热。病毒感染通常具有自限性，但在某些情况下，病毒持续复制，机体免疫反应强烈，就会使症状持续较长时间。对于病毒感染，可遵医嘱使用抗病毒药物，如利巴韦林、阿昔洛韦、奥司他韦等。
3. 并发症：扁桃体化脓若未及时控制，可能引发扁桃体周围脓肿、咽旁脓肿等并发症。这些并发症会导致局部炎症加重，形成新的感染病灶，使得发烧和化脓症状持续。一旦形成脓肿，可能需要进行切开引流等外科处理，同时配合抗生素治疗。
4. 免疫力低下：当机体免疫力低下时，如患有慢性疾病（糖尿病、艾滋病等）、长期使用免疫抑制剂、过度劳累等，身体对抗病原体的能力减弱，感染不易控制，扁桃体化脓和发烧的症状就可能持续较长时间。对于这类情况，除了针对扁桃体感染进行治疗外，还需要积极改善患者的免疫状态，如治疗基础疾病、调整生活方式等。
5. 特殊病原体感染：如结核杆菌、梅毒螺旋体等特殊病原体感染也可能表现为扁桃体化脓和发热。这些感染相对少见，但诊断和治疗较为复杂。需要进行相关的特殊检查，如结核菌素试验、梅毒血清学检查等，明确诊断后，遵医嘱进行针对性的抗痨或抗梅毒治疗。
扁桃体化脓发烧超过5天可能是由多种病因引起的。在出现这种情况时，应及时就医，进行详细的检查，明确病因后采取针对性的治疗措施。治疗过程中要严格遵医嘱用药，同时注意休息，保持口腔清洁，以促进病情的恢复。