普通草药与黄芩在功效上存在多方面差异，主要体现在适用病症、药性特点、归经范围、药用部位及配伍应用等方面。
1. 适用病症：普通草药种类繁多，适用病症广泛。例如金银花，具有清热解毒、疏散风热的功效，常用于治疗外感风热、温病初起等；薄荷能疏散风热、清利头目，可用于风热感冒、头痛目赤等。而黄芩主要针对湿热病症、肺热咳嗽、高热烦渴、血热出血等。如对于湿热引起的泻痢、黄疸，黄芩有较好的清热燥湿作用；对于肺热咳嗽，黄芩能清泻肺火以止咳。
2. 药性特点：普通草药药性各异，有寒、热、温、凉等不同属性。像艾叶性温，有温经止血、散寒调经等作用；黄连性寒，可清热燥湿、泻火解毒。黄芩药性苦寒，清热燥湿、泻火解毒之力较强，且有一定的安胎作用，适用于胎热不安之症。
3. 归经范围：不同普通草药归经不同。如人参归脾、肺经，能大补元气、补脾益肺；杜仲归肝、肾经，可补肝肾、强筋骨。黄芩主要归肺、胆、脾、大肠、小肠经，侧重于清上焦肺火以及中焦、下焦的湿热。
4. 药用部位：普通草药的药用部位多样，有的用根，如丹参；有的用花，如菊花；有的用叶，如大青叶。黄芩一般以根入药，其根经过炮制后可发挥多种功效。
5. 配伍应用：普通草药在配伍上各有特点。如麻黄与桂枝配伍，能增强发汗解表之力；黄芪与当归配伍，可补气生血。黄芩常与柴胡配伍，和解少阳，用于治疗少阳证；与桑白皮配伍，可增强清肺止咳的作用。
普通草药和黄芩在功效上各有特点和优势。普通草药种类丰富，功效多样，能应对多种不同的病症和体质。黄芩则在清热燥湿、泻火解毒等方面有独特的功效，且在特定病症如肺热咳嗽、湿热泻痢等的治疗中应用广泛。在临床应用中，需根据具体病情和患者体质，合理选择使用普通草药或黄芩，必要时还需进行适当的配伍，以达到最佳的治疗效果。但无论使用哪种药物，都应遵医嘱。