怀孕40天处于孕早期，此时胚胎发育关键，感冒与胎儿畸形的潜在关联受病毒类型、感冒严重程度、用药情况、孕妇自身免疫力、遗传因素等影响。
1. 病毒类型：不同病毒对胎儿影响不同。如流感病毒，感染后可能引发高热等症状，高热会影响胚胎细胞发育，增加神经管畸形等风险；风疹病毒在孕早期感染，可能导致胎儿出现先天性白内障、先天性心脏病等多种畸形；巨细胞病毒感染也可能致使胎儿中枢神经系统损伤、听力障碍等。
2. 感冒严重程度：轻度感冒，仅有打喷嚏、流鼻涕等症状，一般对胎儿影响较小。但如果是严重感冒，持续高热、剧烈咳嗽等，会使孕妇身体内环境发生改变，影响胎盘的血液供应和氧气输送，从而干扰胎儿正常发育，增加畸形几率。
3. 用药情况：孕早期用药需谨慎。一些药物如四环素类药物，可与钙结合形成络合物，影响胎儿骨骼和牙齿发育；氨基糖苷类药物可能导致胎儿听力损害；利巴韦林有明显的致畸作用。若孕妇在感冒期间不合理用药，会加大胎儿畸形风险。
4. 孕妇自身免疫力：孕妇免疫力强，身体对抗病毒能力较好，感冒病程可能较短，对胎儿的不良影响相对较小。相反，免疫力低下的孕妇，感冒可能持续时间长，病情易加重，病毒在体内持续作用，就更可能影响胎儿正常发育。
5. 遗传因素：即使孕妇在怀孕40天感冒，若胎儿本身存在某些遗传缺陷，可能会使胎儿对病毒等不良因素的耐受性降低，从而增加畸形的可能性。而具有良好遗传背景的胎儿，可能在一定程度上对感冒的不良影响有更强的抵抗力。
怀孕40天感冒与胎儿畸形存在潜在关联，受多种因素综合影响。未来研究可从病毒类型的致病机制、不同药物对胎儿的具体影响、孕妇免疫力的评估和调节方法以及遗传因素的筛查等方面深入探索，以明确两者之间更准确的关联，为孕期保健和胎儿健康提供更科学的指导。孕妇在孕期尤其是孕早期应注意预防感冒，若感冒应及时就医，在医生指导下进行合理治疗。