睡觉醒了头疼会影响睡眠质量，主要因素有头疼引发身体不适、干扰睡眠周期、导致心理压力、影响入睡及维持睡眠能力、降低睡眠深度等。
1. 头疼引发身体不适：头疼本身就是一种痛苦的体验，当睡醒后头疼发作，会使身体处于不适状态。这种不适会让人难以在睡眠中保持放松，可能会不断调整睡姿试图缓解疼痛，从而破坏了原本安稳的睡眠状态。
2. 干扰睡眠周期：正常的睡眠是由多个睡眠周期组成的，包括浅睡眠、深睡眠和快速眼动睡眠等阶段。头疼可能会打乱这些睡眠周期，使睡眠无法顺利从一个阶段过渡到另一个阶段。例如，在深睡眠阶段因头疼而醒来，就会中断深睡眠，导致睡眠质量下降。
3. 导致心理压力：睡醒后频繁出现头疼的情况，会让人产生担忧和焦虑的情绪。担心头疼是否意味着身体出现了严重问题，这种心理压力会进一步影响睡眠。心理负担过重会使人在睡眠中难以进入深度放松状态，容易多梦、易醒。
4. 影响入睡及维持睡眠能力：头疼会使人在想要再次入睡时变得困难。头疼带来的疼痛刺激会让大脑处于兴奋状态，难以平静下来进入睡眠。而且在睡眠过程中，头疼也可能随时发作，导致睡眠中断，难以维持连续的睡眠。
5. 降低睡眠深度：睡眠深度对于恢复体力和精力至关重要。头疼会使睡眠深度降低，即使睡眠时间充足，也无法获得良好的休息效果。浅睡眠状态下，身体和大脑得不到充分的放松和修复，第二天会感到疲倦、乏力。
针对睡觉醒了头疼的情况，治疗方法有多种。如果是偏头痛，可以使用布洛芬、阿司匹林、萘普生等药物缓解疼痛，但需遵医嘱使用。若是紧张性头痛，可通过放松训练、按摩等方式缓解，也可在医生指导下使用对乙酰氨基酚、阿米替林、多虑平等药物。对于因睡眠呼吸暂停综合征等疾病导致的头疼，需要积极治疗原发病，如使用持续气道正压通气治疗等。
综上所述，睡觉醒了头疼会从多个方面影响睡眠质量，导致睡眠出现各种问题。而头疼的原因复杂多样，治疗方法也因病因不同而有所差异。当出现睡觉醒了头疼的情况时，应及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行合理治疗，以改善睡眠质量，保障身体健康。