药流不同阶段干净时间存在差异，受服药阶段、妊娠囊排出阶段、蜕膜组织排出阶段、个体差异、是否有并发症等因素影响。
1. 服药阶段：药流通常需服用米非司酮和米索前列醇等药物。在服用米非司酮期间，多数人无明显反应，仅有少量阴道出血，此时妊娠组织未排出，不算药流干净阶段。一般服用米非司酮2 - 3天，这期间阴道出血少，也不意味着药流完成。
2. 妊娠囊排出阶段：服用米索前列醇后，子宫收缩促使妊娠囊排出。多数人在服药后6小时内排出妊娠囊，妊娠囊排出后，阴道出血会有所减少，但仍有血液和蜕膜组织继续排出。此阶段若妊娠囊完整排出，可视为初步排出成功，但后续还有蜕膜组织需排出，才算药流干净。
3. 蜕膜组织排出阶段：妊娠囊排出后，子宫内还有蜕膜组织。蜕膜组织排出时间因人而异，一般需要1 - 2周。在这期间，阴道会持续出血，随着蜕膜组织逐渐排出，出血量会逐渐减少，颜色也会从鲜红色变为暗红色，最后变为淡粉色直至停止。
4. 个体差异：不同女性身体状况不同，药流干净时间也有差异。年轻、身体素质好、子宫收缩能力强的女性，药流后子宫恢复快，蜕膜组织排出相对较快，干净时间可能较短；而年龄较大、身体虚弱、有妇科疾病的女性，子宫收缩能力弱，药流干净时间可能延长。
5. 是否有并发症：药流过程中若出现并发症，如药流不全、感染等，会影响干净时间。药流不全指部分妊娠组织或蜕膜组织残留在子宫内，会导致阴道出血时间延长，可能需要进行清宫手术；感染会引起子宫内膜炎等疾病，导致阴道出血、腹痛等症状，也会使药流干净时间延长，需要使用抗生素如甲硝唑、头孢克肟、阿莫西林等治疗，具体用药需遵医嘱。
药流不同阶段干净时间受多种因素影响。服药阶段只是为排出妊娠组织做准备；妊娠囊排出是初步成功标志；蜕膜组织排出需较长时间。个体差异和并发症也会对干净时间产生重要影响。药流后需密切观察身体状况，若出现阴道出血时间过长、腹痛等异常情况，应及时到正规医院妇产科就诊。