儿童指甲盖凹陷可能由多种因素引起，如营养不良、缺铁性贫血、真菌感染、外伤、某些全身性疾病等。
1. 营养不良：儿童生长发育迅速，对各类营养物质需求较高。若日常饮食中缺乏维生素（如维生素A、B族维生素等）、矿物质（如钙、锌等），会影响指甲的正常生长，导致指甲盖凹陷。维生素A对维持皮肤和指甲的健康有重要作用，缺乏时指甲可能变脆、凹陷；钙是指甲的重要组成成分，钙摄入不足会使指甲强度降低。
2. 缺铁性贫血：铁元素是制造血红蛋白的关键原料，缺铁会导致血红蛋白合成减少，引起贫血。贫血会影响指甲的营养供应，使指甲变薄、变脆，出现凹陷，常见的表现为匙状甲。
3. 真菌感染：指甲受到真菌侵袭后，真菌会破坏指甲的结构，导致指甲变形、变色、凹陷等。真菌喜欢温暖潮湿的环境，若儿童手部卫生不佳，经常处于潮湿状态，就容易感染真菌。
4. 外伤：儿童活泼好动，指甲容易受到外力撞击、挤压等外伤。外伤可能损伤指甲的甲床，影响指甲的正常生长，从而导致指甲盖凹陷。如果外伤较轻，随着指甲的生长，凹陷可能会逐渐消失；但如果外伤严重，可能会造成永久性的指甲畸形。
5. 某些全身性疾病：如甲状腺功能减退、雷诺病等全身性疾病也可能影响指甲的生长。甲状腺功能减退会导致身体代谢减慢，影响指甲的生长速度和质量；雷诺病会引起手指血管痉挛，影响指甲的血液供应，导致指甲出现异常。
针对不同的病因，治疗方法也有所不同。对于营养不良，可通过调整饮食，保证儿童摄入均衡的营养，必要时可遵医嘱补充维生素AD滴剂、葡萄糖酸钙锌口服溶液、多维元素片等。缺铁性贫血可遵医嘱补充铁剂，如硫酸亚铁片、富马酸亚铁颗粒、右旋糖酐铁口服液等。真菌感染需要使用抗真菌药物，如盐酸特比萘芬片、伊曲康唑胶囊、氟康唑片等，但都需遵医嘱使用。外伤引起的指甲凹陷，若情况不严重，可等待指甲自然生长恢复；严重时需及时就医处理。全身性疾病则需要针对具体疾病进行相应的治疗。
儿童指甲盖凹陷可能是多种健康问题的外在表现，家长应密切关注儿童指甲的变化。一旦发现异常，应及时带儿童到正规医院就诊，查明病因，并在医生的指导下进行相应的治疗。