九岁孩子发烧39度，病因可能为上呼吸道感染、流感、肺炎、急性胃肠炎、尿路感染等。
1. 上呼吸道感染：这是较为常见的病因，多由病毒感染引起，如鼻病毒、流感病毒等。孩子除了发烧，还可能伴有咳嗽、流涕、咽痛等症状。病毒入侵呼吸道后，会刺激机体的免疫系统，引发炎症反应，导致体温升高。治疗上可使用小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿感冒颗粒、利巴韦林颗粒等药物，但需遵医嘱。
2. 流感：由流感病毒感染所致，起病急，孩子会出现高热、头痛、乏力、肌肉酸痛等症状。流感病毒传染性强，在学校等人群密集场所容易传播。可使用奥司他韦颗粒、帕拉米韦氯化钠注射液、扎那米韦吸入粉雾剂等药物进行抗病毒治疗，同样要遵医嘱。
3. 肺炎：细菌、病毒、支原体等病原体感染肺部可引发肺炎。孩子会有高热、咳嗽、气促等表现，严重时可能出现呼吸困难。肺部炎症会导致身体的免疫反应加剧，从而引起高烧。治疗时，根据病原体不同，可选用阿莫西林克拉维酸钾颗粒、阿奇霉素干混悬剂、利巴韦林气雾剂等药物，务必遵医嘱。
4. 急性胃肠炎：多因饮食不洁，感染细菌或病毒引起，如大肠杆菌、诺如病毒等。孩子会出现发热、腹痛、腹泻、呕吐等症状。胃肠道受到病原体刺激，发生炎症，进而影响身体的体温调节。可使用蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片、口服补液盐散等药物，遵医嘱使用。
5. 尿路感染：细菌逆行感染泌尿系统，导致尿道炎、膀胱炎等疾病。孩子可能有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。炎症刺激泌尿系统黏膜，引发免疫反应，导致体温上升。治疗可选用头孢克肟颗粒、头孢地尼分散片、呋喃妥因肠溶片等药物，需遵医嘱。
九岁孩子发烧39度的病因多样，以上几种是较为常见的情况。当孩子出现高烧时，应密切观察其症状，若持续不退或伴有其他严重症状，建议及时前往正规医院就诊，明确病因后进行针对性治疗。同时，使用药物时一定要严格遵医嘱。