儿童咳嗽头疼可能由多种原因引起，用药选择需谨慎。常见的药物类型有止咳药、解热镇痛药、抗病毒药、抗菌药、中成药等。
1. 止咳药：当儿童咳嗽症状较明显时，可使用止咳药。如氢溴酸右美沙芬，它通过抑制延髓咳嗽中枢而产生镇咳作用，适用于干咳无痰的情况；氨溴索能增加呼吸道黏膜浆液腺的分泌，减少黏液腺分泌，从而降低痰液黏度，使痰液易于咳出，可用于伴有咳痰的咳嗽；愈创甘油醚能刺激胃黏膜反射性引起支气管黏膜腺体分泌增加，降低痰液黏稠度，有祛痰作用，可缓解咳嗽症状。
2. 解热镇痛药：若儿童咳嗽头疼伴有发热症状，可选用解热镇痛药。对乙酰氨基酚通过抑制下丘脑体温调节中枢前列腺素（PGE1）的合成及释放，而产生周围血管扩张，引起出汗以达到解热作用，同时能抑制PGE1、缓激肽和组胺等的作用，提高痛阈而产生镇痛效果；布洛芬具有解热、镇痛、抗炎作用，其作用机制通过对环氧酶（COX）的抑制而减少前列腺素合成，由此减轻因前列腺素引起的组织充血、肿胀，降低周围神经痛觉的敏感性。
3. 抗病毒药：如果儿童咳嗽头疼是由病毒感染引起，可考虑使用抗病毒药。利巴韦林能抑制病毒的复制与传播，对呼吸道合胞病毒等有一定的抑制作用；磷酸奥司他韦在体内的代谢产物奥司他韦羧酸盐能够抑制甲型和乙型流感病毒的神经氨酸酶活性，抑制流感病毒感染和复制，以及从被感染的细胞中释放，从而减少了流感病毒的播散。
4. 抗菌药：当存在细菌感染的证据时，需使用抗菌药。阿莫西林通过抑制细菌细胞壁合成而发挥杀菌作用，可使细菌迅速成为球状体而溶解、破裂，对肺炎链球菌、溶血性链球菌等革兰阳性菌及大肠埃希菌、奇异变形杆菌等革兰阴性菌有良好的抗菌活性；头孢克肟为第三代头孢菌素，抗菌谱广，对部分革兰氏阳性菌及阴性菌均具有抗菌活性，其作用机制为阻止细菌细胞壁的合成；阿奇霉素作用机制与红霉素相同，主要与细菌核糖体的50S亚单位结合，抑制依赖于RNA的蛋白合成，对肺炎支原体、衣原体等有较好的作用。
5. 中成药：一些中成药也可用于缓解儿童咳嗽头疼症状。小儿止咳糖浆具有祛痰，镇咳的功效，用于小儿感冒引起的咳嗽；小儿豉翘清热颗粒有疏风解表，清热导滞的作用，可用于小儿风热感冒挟滞证，症见发热咳嗽、鼻塞流涕、咽红肿痛等；清宣止咳颗粒能疏风清热，宣肺止咳，用于小儿外感风热咳嗽。需要注意的是，使用中成药也应根据儿童的具体症状和体质辨证选用。
儿童咳嗽头疼时，用药选择需综合考虑病因、症状等多方面因素。家长应密切关注儿童的病情变化，在选择药物时务必遵医嘱，不可自行盲目用药。若儿童症状持续不缓解或加重，应及时带其到正规医院就诊，以便明确诊断并进行针对性治疗。