普通同房与排卵期科学同房受孕率存在差异，主要受排卵时间、精子与卵子相遇几率、生殖激素水平、子宫内膜状态、心理因素等影响。
1. 排卵时间：正常情况下，女性每月一般只排出一个成熟卵子。普通同房时间不固定，可能不在排卵日前后，精子难以与卵子相遇，受孕几率低。而排卵期科学同房是在排卵日及其前后几天进行，此时卵子排出，增加了精子与卵子结合的机会，受孕率明显提高。
2. 精子与卵子相遇几率：普通同房时，若未处于排卵期，精子进入女性生殖道后，在等待卵子排出的过程中，活力会逐渐下降，甚至死亡。而在排卵期科学同房，精子能在较短时间内遇到刚排出的新鲜卵子，大大提高了相遇结合成受精卵的几率。
3. 生殖激素水平：在排卵期，女性体内的生殖激素如雌激素、孕激素等会发生一系列变化，这些激素的变化有助于营造一个适宜精子生存和受精卵着床的环境。例如，雌激素可以使宫颈黏液变得稀薄，有利于精子通过；孕激素可以使子宫内膜增厚，为受精卵着床做好准备。普通同房时，激素水平可能未达到最佳状态，不利于受孕。
4. 子宫内膜状态：排卵期时，子宫内膜在激素的作用下处于最佳的着床状态，厚度适中、血运丰富，有利于受精卵的着床和发育。普通同房如果不在排卵期，子宫内膜可能不适合受精卵着床，即使有受精卵形成，也可能因着床失败而无法怀孕。
5. 心理因素：对于备孕夫妻来说，排卵期科学同房往往会让双方在心理上更有期待和信心，这种积极的心理状态也有助于提高受孕率。而普通同房可能没有这种明确的目标和心理暗示，心理压力可能相对较大，反而不利于受孕。
综上所述，普通同房和排卵期科学同房在受孕率上确实存在较大差异。备孕夫妻可以通过了解女性的排卵期，进行科学同房，提高受孕的几率。同时，保持健康的生活方式和良好的心态也对受孕有积极的影响。如果长时间备孕仍未成功，建议及时到正规医院的生殖健康科就诊，进行相关检查和治疗。