怀孕45天有褐色分泌物若不处理，未来可能会面临先兆流产、宫外孕、葡萄胎、妇科炎症、胚胎发育异常等麻烦。
1. 先兆流产：怀孕早期出现褐色分泌物是先兆流产的常见症状之一。在怀孕45天时，胚胎着床还不够稳定，若母体黄体功能不足，会导致孕激素分泌不足，无法维持胚胎的正常发育，从而引起子宫收缩，出现褐色分泌物。若不及时处理，子宫收缩加剧，就可能导致流产。临床上可使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、烯丙雌醇片等药物进行保胎治疗。
2. 宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。宫外孕时，受精卵无法正常发育，会导致输卵管破裂或流产，从而出现阴道流血，表现为褐色分泌物。如果不及时诊断和处理，宫外孕破裂会引起腹腔内大出血，严重威胁孕妇的生命安全。一般需要通过手术治疗，如输卵管切除术、输卵管开窗取胚术等。
3. 葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，主要表现为停经后阴道流血，多为不规则阴道流血，量多少不定，有时可排出水泡样组织。怀孕45天出现褐色分泌物也可能是葡萄胎的表现。若不及时治疗，葡萄胎有恶变的可能，发展为侵蚀性葡萄胎或绒癌。治疗方法主要是清宫术，术后还需要定期随访。
4. 妇科炎症：孕妇在孕期身体抵抗力下降，容易受到细菌、真菌等病原体的侵袭，引发阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎等妇科炎症。炎症刺激会导致阴道或宫颈黏膜充血、水肿，出现少量出血，从而表现为褐色分泌物。若不及时治疗，炎症可能会上行感染，影响胎儿的正常发育，甚至导致早产、胎膜早破等并发症。可根据不同的病原体选择合适的药物治疗，如甲硝唑栓、克霉唑栓、制霉菌素栓等，但需遵医嘱使用。
5. 胚胎发育异常：胚胎本身存在染色体异常、基因缺陷等问题，可能会导致胚胎发育不良，出现褐色分泌物。若不处理，最终可能会导致胚胎停止发育，需要进行清宫手术。
怀孕45天出现褐色分泌物是一个需要引起重视的情况，可能预示着多种潜在的问题。如果不及时处理，这些问题可能会对孕妇和胎儿的健康造成严重的影响。因此，一旦出现这种情况，孕妇应及时到正规医院的妇产科就诊，进行详细的检查，明确病因，并在医生的指导下进行相应的治疗。