同龄12岁男孩身高存在差异，主要与遗传因素、营养状况、睡眠质量、运动量以及疾病因素等有关。
1. 遗传因素：遗传在身高的决定中起着重要作用。父母的身高基因会遗传给孩子，一般来说，父母身材较高，孩子长高的潜力相对较大；反之，父母身材较矮，孩子的身高可能也会受到一定限制。不过，遗传并非唯一决定因素，环境等其他因素也会产生影响。
2. 营养状况：营养是影响身高的关键因素之一。12岁男孩正处于生长发育的重要阶段，对蛋白质、钙、维生素D等营养物质的需求较大。如果日常饮食中这些营养物质摄入不足，比如蛋白质缺乏会影响身体细胞的修复和再生，钙和维生素D缺乏会影响骨骼的生长和发育，就可能导致身高增长缓慢。像牛奶、鸡蛋、鱼肉等富含优质蛋白质，而鱼肝油、动物肝脏等富含维生素D。
3. 睡眠质量：生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，尤其是在深度睡眠阶段。如果12岁男孩睡眠质量差，经常熬夜、睡眠不足，会影响生长激素的分泌，进而影响身高增长。一般建议12岁男孩每天保证9 - 10小时的睡眠时间，并且要养成规律的作息习惯。
4. 运动量：适度的运动可以刺激骨骼生长板，促进骨骼生长。像跳绳、篮球、游泳等运动，能够对骨骼产生纵向的压力和刺激，有助于身高增长。经常参加运动的12岁男孩，骨骼和肌肉得到更好的锻炼，身高增长可能会更明显。
5. 疾病因素：某些疾病也会影响身高发育。例如生长激素缺乏症，会导致生长激素分泌不足，使孩子生长缓慢；甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌减少，会影响身体的新陈代谢和生长发育；先天性心脏病等慢性疾病，会影响身体的营养吸收和利用，也可能导致身高落后于同龄人。对于这些疾病，可以使用生长激素、左甲状腺素钠等药物进行治疗，但必须遵医嘱。
同龄12岁男孩身高存在差异是多种因素共同作用的结果。遗传因素难以改变，但可以通过保证充足的营养、良好的睡眠、适度的运动来促进身高增长。如果怀疑孩子因疾病影响身高，应及时到正规医院儿科或内分泌科就诊，以便早期发现问题并进行干预。