怀孕两个月有褐色分泌物可能由多种因素引起，如先兆流产、宫外孕、葡萄胎、妇科炎症、宫颈病变等。
1. 先兆流产：怀孕两个月时，胚胎着床尚不稳定，若孕妇体内孕激素水平不足、过度劳累、受到外力撞击等，都可能引发先兆流产。此时，子宫会出现少量出血，血液在阴道内氧化后变成褐色分泌物排出。一般可通过卧床休息、补充孕激素如黄体酮胶囊、地屈孕酮片、烯丙雌醇片等进行保胎治疗，但需遵医嘱。
2. 宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。常见的着床部位是输卵管，随着胚胎的生长，输卵管无法承受其发育，会导致局部破裂出血，血液积聚在盆腔，部分经阴道流出形成褐色分泌物。宫外孕是一种危险的情况，通常需要手术治疗，如输卵管开窗术、输卵管切除术等。
3. 葡萄胎：这是一种异常的妊娠情况，胎盘绒毛滋养细胞增生，间质高度水肿，形成大小不一的水泡，形似葡萄。葡萄胎患者会出现阴道流血，多为不规则出血，量时多时少，血液也可表现为褐色分泌物。一旦确诊，需及时清宫，并定期随访血HCG水平。
4. 妇科炎症：孕期女性身体抵抗力下降，容易受到细菌、真菌等病原体的侵袭，引发阴道炎、宫颈炎等妇科炎症。炎症刺激会导致阴道或宫颈黏膜充血、水肿，出现少量出血，进而产生褐色分泌物。治疗时可根据不同的病原体选择合适的药物，如甲硝唑栓、克霉唑栓、制霉菌素阴道泡腾片等，但要在医生指导下使用。
5. 宫颈病变：如宫颈息肉、宫颈癌前病变甚至宫颈癌等，也可能导致怀孕两个月出现褐色分泌物。宫颈息肉质地脆嫩，容易出血；而宫颈癌前病变和宫颈癌则是由于宫颈组织发生异常改变，肿瘤组织侵犯血管引起出血。对于宫颈息肉，可在合适的时机进行摘除；对于宫颈癌前病变和宫颈癌，需根据具体情况制定个体化的治疗方案。
怀孕两个月出现褐色分泌物是一个需要引起重视的现象，可能是多种原因导致的，每种原因对应的治疗方法也有所不同。孕妇一旦发现有褐色分泌物，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如B超、血HCG、孕酮等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗，确保孕期的安全和胎儿的健康。