孩子发烧38度吃退烧药和39度吃，在体温控制效果、对免疫系统影响、药物不良反应、病情判断难度、治疗周期等方面存在区别。
1. 体温控制效果：孩子体温38度时，机体自身免疫系统仍可较好发挥作用对抗病原体，此时吃退烧药，体温可能较快下降，但易出现体温反复。而39度时，体温较高，机体代谢加快、耗氧量增加，过早使用退烧药可能掩盖病情，不过若适时服用，体温下降后相对较稳定，能减轻高热对身体的不良影响。
2. 对免疫系统影响：38度属于低热，是机体免疫系统对抗病原体的一种正常反应，此时过早吃退烧药，可能抑制免疫系统的正常功能，影响其对病原体的识别和清除能力。39度时，高热可能对孩子身体造成一定损害，适时使用退烧药可避免高热对免疫系统的过度刺激，保护免疫系统正常功能。
3. 药物不良反应：退烧药都有一定不良反应，38度时孩子身体不适相对较轻，服用退烧药后，出现不良反应的概率可能相对较高，如胃肠道不适、过敏等。39度时，因高热对身体影响较大，药物不良反应相对高热带来的危害可能较小，且孩子对药物耐受性可能稍好。
4. 病情判断难度：38度就吃退烧药，可能使体温波动，掩盖病情发展，医生难以根据体温变化准确判断病情严重程度和发展趋势。39度时，体温较高且持续时间长，更能反映病情的严重程度，医生可结合其他症状更准确地诊断疾病。
5. 治疗周期：38度吃退烧药，若免疫系统受抑制，可能导致病原体清除时间延长，治疗周期可能会相应增加。39度适时服用退烧药，配合其他治疗措施，有助于控制病情，可能缩短治疗周期。常用的退烧药有对乙酰氨基酚、布洛芬、阿司匹林等，但用药必须遵医嘱。
孩子发烧38度吃退烧药和39度吃存在多方面区别，家长应密切关注孩子体温和症状变化。低热时可先采用物理降温等方法，若体温持续升高或伴有其他严重症状，应及时就医，在医生指导下合理使用退烧药，以保障孩子健康。