戒烟后咳嗽和不戒烟咳嗽的危害大小需综合多方面因素判断，如咳嗽原因、肺部损伤程度、呼吸道感染风险、致癌风险、对生活质量的影响等。
1. 咳嗽原因：戒烟后咳嗽是身体的一种自我修复反应，烟草中的有害物质逐渐排出体外，呼吸道纤毛开始恢复运动，会引起咳嗽。不戒烟咳嗽主要是烟草中的尼古丁、焦油等有害物质持续刺激呼吸道黏膜，导致黏膜受损引发咳嗽。
2. 肺部损伤程度：不戒烟时，烟草的持续伤害会使肺部逐渐出现肺气肿、肺纤维化等病变，肺功能不断下降。戒烟后咳嗽虽然也表明肺部在清理有害物质，但从长远看，是肺部开始自我修复的表现，随着时间推移，肺部损伤会逐渐减轻。
3. 呼吸道感染风险：不戒烟会破坏呼吸道的防御机制，使呼吸道更容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，增加感冒、支气管炎、肺炎等呼吸道感染的发生几率。戒烟后，呼吸道的抵抗力会逐渐增强，感染风险会降低。
4. 致癌风险：长期吸烟是导致肺癌等多种癌症的重要危险因素。不戒烟会持续增加患癌风险，而戒烟后，随着时间的推移，患癌风险会逐渐降低。例如，戒烟5年后，患肺癌的风险可降低一半左右。
5. 对生活质量的影响：不戒烟咳嗽会影响日常生活和社交，还可能导致睡眠质量下降。戒烟后咳嗽可能在短期内影响生活，但当身体适应并完成修复后，生活质量会得到显著提高。
6. 治疗药物：针对咳嗽症状，可使用一些药物缓解。如右美沙芬，通过抑制延髓咳嗽中枢而发挥镇咳作用；氨溴索，能增加呼吸道黏膜浆液腺的分泌，减少黏液腺分泌，从而降低痰液黏度；溴己新，可使痰液中的黏多糖纤维断裂，痰液黏度降低，易于咳出。使用药物需遵医嘱。
总体而言，不戒烟咳嗽的危害通常更大。虽然戒烟后会出现咳嗽等不适症状，但这是身体恢复的正常过程。从长远来看，戒烟对呼吸系统及整体健康有益。若咳嗽症状严重或持续不缓解，建议到正规医院呼吸内科就诊。