怀孕初期流褐色分泌物背后的病因有着床出血、先兆流产、宫外孕、葡萄胎、妇科疾病等。
1. 着床出血：受精卵在子宫壁着床时，可能会引起少量出血，血液在阴道内氧化后变成褐色排出。这是一种正常的生理现象，一般出血量较少，持续时间短，通常不需要特殊处理。
2. 先兆流产：怀孕初期，由于胚胎发育不良、母体激素水平不足、过度劳累等原因，可能会导致先兆流产，出现阴道流褐色分泌物的症状，还可能伴有腹痛。治疗上，可使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、固肾安胎丸等药物进行保胎治疗，同时需要卧床休息，避免剧烈运动和性生活。
3. 宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，最常见的是输卵管妊娠。随着胚胎的生长，可能会导致输卵管破裂出血，血液积聚在盆腔内，然后经阴道流出褐色分泌物。宫外孕是一种危险的情况，一旦确诊，通常需要采取手术治疗，如输卵管切除术、输卵管开窗取胚术等。
4. 葡萄胎：葡萄胎是一种异常的妊娠，胎盘绒毛滋养细胞增生，间质水肿，形成大小不一的水泡，形似葡萄。患者会出现阴道流血，多为不规则出血，量时多时少，也可表现为褐色分泌物。葡萄胎一经确诊，应及时清宫，术后还需要定期复查血人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平。
5. 妇科疾病：孕妇本身患有宫颈炎、宫颈息肉、阴道炎等妇科疾病，也可能导致阴道流褐色分泌物。对于宫颈炎，可根据病情使用阿奇霉素片、多西环素片、头孢克肟分散片等药物治疗；宫颈息肉一般需要手术摘除；阴道炎则需要根据不同的病原体选择合适的药物，如甲硝唑栓、克霉唑栓、制霉菌素阴道泡腾片等。治疗时均需遵医嘱。
怀孕初期流褐色分泌物可能由多种原因引起，有些情况较为轻微，可自行缓解，而有些则可能对孕妇和胎儿的健康造成严重威胁。因此，一旦出现这种情况，应及时到正规医院妇产科就诊，进行相关检查，如超声检查、血hCG测定等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。