在治疗某些疾病时，传统治疗与三联疗法三种药在治疗效果上存在差异，这主要受治疗针对性、药物协同作用、治疗疗程、适用人群、副作用等因素影响。
1. 治疗针对性：传统治疗往往采用较为宽泛的治疗手段，可能是根据疾病的大致症状进行处理。而三联疗法三种药是针对特定疾病的发病机制和病因，精准用药。比如在治疗幽门螺杆菌感染时，传统治疗可能只是单纯使用一些抑制胃酸分泌的药物来缓解症状，而三联疗法通常会选用质子泵抑制剂（如奥美拉唑）、铋剂（如枸橼酸铋钾）和抗生素（如阿莫西林、克拉霉素），直接针对幽门螺杆菌进行杀灭，治疗更具针对性。
2. 药物协同作用：三联疗法中的三种药物相互配合，发挥协同作用。以治疗胃溃疡合并幽门螺杆菌感染为例，质子泵抑制剂可以抑制胃酸分泌，为抗生素发挥作用创造有利的环境；铋剂可以在胃黏膜表面形成保护膜，防止胃酸和胃蛋白酶对胃黏膜的进一步损伤；抗生素则直接杀灭幽门螺杆菌。三种药物联合使用，比单一药物或传统治疗中简单的药物组合效果更好。
3. 治疗疗程：传统治疗可能疗程较长，且效果可能不明显。而三联疗法通常有相对固定的疗程，一般为10 - 14天。在规定的疗程内，按照规范用药，能够较快地控制病情，提高治愈率。例如在治疗幽门螺杆菌感染时，经过完整的三联疗法疗程，大部分患者可以成功根除幽门螺杆菌。
4. 适用人群：传统治疗适用于各种病情和体质的患者，但对于一些病情较为严重或特殊的患者，效果可能不佳。三联疗法虽然效果较好，但并非适用于所有人群。比如对三联疗法中某种药物过敏的患者，就不能使用该疗法。因此，在选择治疗方法时，需要根据患者的具体情况进行综合考虑。
5. 副作用：传统治疗可能使用的药物种类较多，副作用相对较为复杂。三联疗法三种药虽然也有一定的副作用，但由于药物种类相对固定，副作用相对更容易预测和处理。例如，抗生素可能会引起胃肠道不适、过敏等不良反应，但在医生的指导下可以采取相应的措施进行缓解。
传统治疗和三联疗法三种药在治疗效果上各有优劣。三联疗法在治疗针对性、药物协同作用和治疗疗程等方面具有一定的优势，但也有其适用范围和可能出现的副作用。在临床治疗中，应根据患者的具体病情、体质等因素，综合考虑选择合适的治疗方法。无论选择哪种治疗方法，都应在医生的指导下进行。