怀孕 3 天和 5 天腹痛存在差别，可能由生理因素、着床情况、激素水平变化、宫外孕、先兆流产等因素导致。
1. 生理因素：怀孕初期，子宫开始逐渐增大，会对周围的组织和韧带造成一定的牵拉和压迫，怀孕 3 天和 5 天虽然时间间隔短，但子宫变化的程度可能有细微差异，从而导致腹痛程度不同。怀孕 3 天时，这种牵拉和压迫相对较轻，腹痛可能较轻微；而到怀孕 5 天，子宫进一步变化，腹痛可能稍有加重。
2. 着床情况：受精卵着床时可能会引起轻微的腹痛和少量出血。怀孕 3 天受精卵可能刚开始着床或者还未着床，此时腹痛可能不明显或者仅有轻微的刺痛感。而怀孕 5 天，受精卵着床过程可能更深入，对子宫内膜的刺激更大，腹痛可能会相对明显一些。
3. 激素水平变化：怀孕后女性体内激素水平会发生显著变化，如孕激素、雌激素等。怀孕 3 天到 5 天，激素水平持续上升，不同阶段身体对激素变化的反应不同。激素水平的波动可能会影响胃肠道的蠕动和消化功能，怀孕 3 天可能刚开始出现轻微的胃肠道不适导致的腹痛，到怀孕 5 天，随着激素水平进一步升高，胃肠道不适可能加重，腹痛也更明显。
4. 宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外着床。如果是宫外孕，随着受精卵的发育，在怀孕 3 天可能还未引起明显的症状，但到怀孕 5 天，胚胎生长可能导致着床部位的组织破裂、出血，从而引起较为剧烈的腹痛，这种腹痛通常是一侧下腹部突发的撕裂样或阵发性疼痛。
5. 先兆流产：怀孕早期，胚胎着床不稳定，可能会出现先兆流产。怀孕 3 天可能只是有轻微的子宫收缩引起的隐痛，而到怀孕 5 天，如果情况没有改善，子宫收缩加剧，腹痛会更加明显，同时可能伴有阴道少量出血。对于先兆流产的治疗，常用的药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片、固肾安胎丸等，但具体用药需遵医嘱。
怀孕 3 天和 5 天腹痛的差别可能由多种因素引起，从生理变化到病理情况都有可能。如果孕妇出现腹痛症状，应密切关注腹痛的程度、性质和伴随症状等。若腹痛持续不缓解或加重，应及时到正规医院妇产科就诊，以便明确病因并采取相应的治疗措施。