宝宝39度多烧一整晚和短时间高烧哪个更危险，需从体温持续时间、体温峰值、宝宝自身抵抗力、是否有基础疾病、引发发热的病因等方面判断。
1. 体温持续时间：宝宝39度多烧一整晚，长时间处于高热状态，身体代谢会持续加快，能量消耗增多，还可能影响大脑细胞的正常功能，增加惊厥发生的几率。而短时间高烧，若能及时降温，对身体各器官的持续影响相对较小。
2. 体温峰值：如果短时间高烧体温峰值极高，远超39度，可能会在短时间内对机体造成严重损伤，如引起脱水、电解质紊乱等。而39度多烧一整晚，虽然体温相对稳定在39度多，但长时间的累积效应也不可忽视。
3. 宝宝自身抵抗力：抵抗力较好的宝宝，对于39度多烧一整晚或者短时间高烧可能有一定的耐受能力，恢复相对容易。但抵抗力较差的宝宝，无论是长时间低热还是短时间高热，都可能引发更严重的问题，如感染扩散等。
4. 是否有基础疾病：若宝宝本身有基础疾病，如心脏病、神经系统疾病等，39度多烧一整晚可能会加重基础疾病的病情。短时间高烧也可能诱发基础疾病的急性发作，具体危险程度取决于基础疾病的类型和严重程度。
5. 引发发热的病因：如果是普通病毒感染引起的发热，39度多烧一整晚或者短时间高烧，经过适当处理，一般预后较好。但如果是严重的细菌感染、脑膜炎等疾病引起的发热，不管是哪种发热形式，都可能导致严重后果，甚至危及生命。针对不同病因，治疗药物也不同。如普通病毒感染可使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物；细菌感染可使用头孢克洛、阿莫西林、阿奇霉素等抗生素。但用药都需遵医嘱。
宝宝39度多烧一整晚和短时间高烧哪个更危险不能一概而论，要综合多方面因素判断。当宝宝出现高烧情况，应及时采取降温措施，并密切观察宝宝的精神状态、症状表现等。若情况持续不缓解或伴有其他严重症状，需及时前往正规医院就诊，明确病因，进行针对性治疗。