月经结束第三天同房怀孕，对孕期健康的影响主要包括受孕几率相关影响、胚胎着床情况、孕期激素水平、孕妇心理状态、孕期并发症风险等。
1. 受孕几率相关影响：月经结束第三天通常处于安全期边缘，此时怀孕说明女性的排卵周期可能不规律。这种不规律可能会影响后续产检对孕周的准确判断，因为常规的孕周推算方法是基于规律的月经周期。若孕周判断不准确，可能会影响对胎儿发育情况的评估，例如唐筛、大排畸等重要检查的时间安排可能会出现偏差。
2. 胚胎着床情况：由于此时子宫内膜可能还未完全恢复到最佳状态，胚胎着床可能不够稳固。这就增加了早期流产的风险，孕妇可能会出现阴道流血、腹痛等症状。在怀孕初期，需要更加密切地关注孕妇的身体状况，及时进行保胎治疗。
3. 孕期激素水平：怀孕后，女性体内的激素水平会发生显著变化。而在月经结束第三天怀孕，激素水平的波动可能会更加复杂。雌激素、孕激素等激素的异常波动可能会影响孕妇的身体代谢，导致孕妇出现恶心、呕吐、乏力等早孕反应加重的情况，也可能影响孕妇的情绪状态。
4. 孕妇心理状态：很多女性可能没有预料到在月经结束第三天同房会怀孕，这种意外怀孕可能会给孕妇带来较大的心理压力。长期的心理压力可能会影响孕妇的睡眠质量和食欲，进而影响孕妇自身的健康和胎儿的发育。孕妇可能会出现焦虑、抑郁等情绪问题，需要家人和医生给予更多的心理支持。
5. 孕期并发症风险：由于受孕时间的特殊性，孕妇患孕期并发症的风险可能会有所增加。例如，妊娠期高血压、妊娠期糖尿病等疾病的发生几率可能会相对升高。这些并发症不仅会影响孕妇的身体健康，还可能对胎儿的生长发育造成不良影响，严重时甚至会危及母婴的生命安全。
月经结束第三天同房怀孕对孕期健康存在多方面的影响，从受孕几率相关的产检判断问题，到胚胎着床、激素水平、心理状态以及孕期并发症风险等。孕妇在孕期需要更加关注自身的身体状况，定期进行产检，及时发现和处理可能出现的问题。同时，保持良好的心态和生活习惯对于孕期健康至关重要。