扁桃体发炎疼痛时，细菌和病毒感染在发热特点、咽痛程度、扁桃体表现、伴随症状、病程长短等方面存在不同。
1. 发热特点：病毒感染引起的扁桃体发炎，发热一般为中低热，体温通常在38.5℃以下，发热持续时间相对较短，可能3 - 5天体温就会逐渐恢复正常。而细菌感染导致的扁桃体发炎，发热程度较高，常出现高热，体温可达39℃甚至更高，且发热持续时间较长，可能会持续5 - 7天，甚至更久。
2. 咽痛程度：病毒感染引发的咽痛相对较轻，多为隐痛、钝痛，患者尚可忍受，不影响正常的吞咽和说话。细菌感染造成的咽痛则较为剧烈，呈刺痛或灼痛，严重时会影响吞咽，导致患者不敢进食，说话声音也可能会变得嘶哑。
3. 扁桃体表现：病毒感染时，扁桃体充血、肿大的程度相对较轻，表面可能仅有散在的点状充血，一般不会出现明显的脓性分泌物。细菌感染时，扁桃体明显肿大，表面可见黄白色的脓性分泌物，有时这些分泌物会连成一片，形成假膜，且假膜容易拭去，拭去后一般不会出血。
4. 伴随症状：病毒感染除了扁桃体发炎疼痛外，常伴有流涕、打喷嚏、咳嗽等上呼吸道卡他症状，部分患者还可能出现全身乏力、肌肉酸痛等表现。细菌感染除了咽痛、发热外，可能会出现颈部淋巴结肿大、压痛，严重时还可能引发全身性症状，如畏寒、寒战等。
5. 病程长短：病毒感染引起的扁桃体发炎，病程相对较短，一般在1周左右症状就会逐渐缓解。细菌感染导致的扁桃体发炎，如果不及时治疗，病程可能会延长，容易反复发作，甚至可能引发扁桃体周围脓肿等并发症。
对于扁桃体发炎疼痛的治疗，如果是病毒感染，通常以对症治疗为主，可使用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物缓解发热、咽痛症状，也可使用利巴韦林等抗病毒药物。如果是细菌感染，一般需要使用抗生素治疗，如阿莫西林、头孢呋辛、阿奇霉素等，但使用药物必须遵医嘱。
总之，细菌和病毒感染导致的扁桃体发炎疼痛在多个方面存在差异。通过了解这些不同症状，有助于初步判断感染类型，但最终确诊还需要结合实验室检查。一旦出现扁桃体发炎疼痛症状，应及时到正规医院就诊，以便明确病因并进行针对性治疗。