儿童服用调节肠道菌群的药物，饭前还是饭后合适，需考虑胃酸影响、食物协同作用、肠道环境、药物疗效发挥、儿童肠胃耐受等因素。
1. 胃酸影响：胃酸具有杀菌作用，空腹时胃酸分泌较多、酸性较强。若在饭前服用调节肠道菌群的药物，药物中的有益菌可能会被胃酸大量杀灭，从而降低药物效果。饭后胃酸被食物中和一部分，胃酸浓度相对降低，此时服用能减少有益菌被胃酸破坏的几率，让更多有益菌顺利到达肠道发挥作用。
2. 食物协同作用：饭后食物在胃肠道内可起到一定的缓冲作用，能为调节肠道菌群的药物中的有益菌提供一个相对温和的环境。同时，食物中的一些成分还可为有益菌提供营养，有助于有益菌在肠道内更好地定植和繁殖，增强药物对肠道菌群的调节效果。
3. 肠道环境：饭后肠道蠕动会相对加快，有助于药物更快地通过胃部进入肠道。而且此时肠道内的消化液和消化酶分泌也较为旺盛，更有利于药物中有益菌与肠道内的物质相互作用，改善肠道微生态环境，促进消化和吸收。
4. 药物疗效发挥：调节肠道菌群的药物的主要作用是调节肠道内的菌群平衡，改善消化功能。饭后服用能使药物与食物在肠道内充分混合，更有利于药物作用于整个肠道，提高药物的疗效。
5. 儿童肠胃耐受：儿童的肠胃功能相对较弱，饭前空腹服用调节肠道菌群的药物可能会对肠胃产生一定刺激，引起不适，如恶心、呕吐等。饭后服用可减少这种刺激，降低不良反应的发生几率，提高儿童对药物的耐受性。
综合考虑胃酸影响、食物协同作用、肠道环境、药物疗效发挥以及儿童肠胃耐受等因素，一般情况下儿童服用调节肠道菌群的药物饭后更合适。不过，具体情况还需根据儿童个体差异和病情，遵医嘱进行选择。常见的调节肠道菌群的药物还有地衣芽孢杆菌活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌肠球菌三联活菌片等。若儿童在服用过程中出现不适，应及时到正规医院就诊。