肚子两侧隐隐作痛可能隐藏的疾病有肠易激综合征、结肠炎、泌尿系统结石、附件炎、腹股沟疝等。
1. 肠易激综合征：这是一种常见的功能性胃肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道感染、肠道微生态失衡、精神心理障碍等因素有关。患者常出现腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状，腹痛部位不定，以下腹和左下腹多见，多于排便或排气后缓解。治疗上，可使用匹维溴铵、曲美布汀、奥替溴铵等药物调节胃肠动力，缓解腹痛症状，同时需注意调整饮食和生活方式，遵医嘱用药。
2. 结肠炎：指各种原因引起的结肠炎症性病变，可由细菌、真菌、病毒、寄生虫、原虫等生物引起，也可由变态反应及理化因子引起。患者主要表现为腹痛、腹泻、黏液便及脓血便、里急后重等。治疗药物包括氨基水杨酸制剂如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪、奥沙拉嗪等，可抑制前列腺素合成，减轻炎症反应。
3. 泌尿系统结石：病因与多种因素有关，如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度过高，析出结晶形成结石。结石可能导致尿路梗阻，引起肚子两侧隐痛，还可伴有血尿、尿频、尿急等症状。治疗时，较小的结石可通过服用排石颗粒、肾石通颗粒、金钱草颗粒等药物促进排出，较大的结石可能需要体外冲击波碎石或手术治疗，具体治疗方案需遵医嘱。
4. 附件炎：指输卵管和卵巢的炎症，主要由病原体感染引起，如淋病奈瑟菌、沙眼衣原体等。女性患者会出现下腹部坠胀、疼痛及腰骶酸痛等症状，时轻时重，并伴有白带增多、腰疼、月经失调等。治疗通常采用抗生素，如头孢曲松钠、甲硝唑、阿奇霉素等，以控制感染，具体用药需遵医嘱。
5. 腹股沟疝：指腹腔内脏器通过腹股沟区的缺损向体表突出所形成的包块，与腹壁薄弱、腹内压力增高等因素有关。患者腹股沟区可出现可复性肿块，部分患者伴有肚子两侧隐痛。治疗以手术为主，如疝修补术、无张力疝修补术等。
肚子两侧隐隐作痛可能是多种疾病的信号，涉及消化、泌尿、生殖等多个系统。当出现这种症状时，应及时关注，必要时到正规医院进行详细检查，以便明确病因，采取针对性的治疗措施。