不同年龄段阴茎短小的病因存在差异，主要包括先天性发育异常、内分泌失调、染色体异常、肥胖以及后天疾病损伤等。
1. 先天性发育异常：在胚胎发育过程中，若生殖结节发育不全，可能导致阴茎在出生时就短小。这可能与遗传因素有关，家族中若有类似情况，后代出现阴茎短小的概率会相对增加。此外，孕期母亲接触某些有害物质，如化学毒物、辐射等，也可能影响胎儿阴茎的正常发育。
2. 内分泌失调：在青春期前，若下丘脑 - 垂体 - 性腺轴功能出现异常，导致雄激素分泌不足，会影响阴茎的正常生长。例如，垂体肿瘤可能会影响促性腺激素的分泌，进而影响睾丸分泌雄激素。甲状腺功能减退等疾病也可能间接影响内分泌系统，干扰阴茎的发育。
3. 染色体异常：某些染色体疾病，如克氏综合征，患者的染色体核型为 47，XXY，比正常男性多了一条 X 染色体。这种染色体异常会导致睾丸发育不全，雄激素分泌减少，从而引起阴茎短小。
4. 肥胖：儿童及青少年时期过度肥胖，会使会阴部脂肪堆积，导致一部分阴茎埋藏于脂肪内，从外观上看阴茎显得短小。而且肥胖还可能影响内分泌系统，导致雄激素水平相对降低，进一步影响阴茎的发育。
5. 后天疾病损伤：成年人若因外伤、手术等原因损伤了阴茎海绵体或神经血管，可能会导致阴茎勃起功能障碍，阴茎在外观上也可能显得短小。此外，一些慢性疾病，如糖尿病，长期高血糖状态会损害神经和血管，影响阴茎的血液供应和神经传导，进而影响阴茎的正常功能和外观。
不同年龄段阴茎短小的病因各不相同，先天性发育异常和染色体异常多在出生时或儿童期就有所表现，内分泌失调在青春期较为常见，肥胖对阴茎外观和发育的影响在儿童及青少年时期较为突出，而后天疾病损伤则更多见于成年人。了解这些病因差异，有助于针对性地进行诊断和治疗。若发现阴茎短小情况，应及时到正规医院男科或生殖健康科就诊，以便明确病因并采取相应的治疗措施。