HPV疫苗主要有二价、四价和九价，其副作用在局部反应、全身反应、过敏反应、神经系统症状、胃肠道症状等方面存在差异。
1. 局部反应：三种疫苗接种后都可能出现局部反应，但程度可能不同。二价疫苗接种部位疼痛、红肿等情况较为常见，一般症状相对较轻且持续时间较短。四价疫苗局部反应发生率与二价相近，但部分人群可能红肿范围稍大。九价疫苗局部反应相对更明显一些，疼痛、硬结等情况可能稍多，但大多在数天内自行缓解。
2. 全身反应：二价疫苗接种后全身反应如发热、乏力、肌肉酸痛等相对较少且症状较轻微。四价疫苗全身反应发生率略高于二价，发热情况可能稍多一些，体温一般在低热范围。九价疫苗全身反应可能更为常见，部分接种者会出现中度发热、明显乏力等表现，但通常也是自限性的。
3. 过敏反应：三种疫苗都有引发过敏反应的可能。二价疫苗过敏反应较为罕见，可能表现为皮疹等轻微症状。四价疫苗过敏发生率稍高于二价，除皮疹外，还可能有瘙痒等不适。九价疫苗过敏反应相对报道稍多，严重过敏反应虽然少见，但一旦发生可能危及生命，如过敏性休克等。
4. 神经系统症状：二价疫苗引发神经系统症状如头晕、头痛等较为少见且症状轻微。四价疫苗神经系统症状发生率略高，部分人可能会有短暂的头晕不适。九价疫苗神经系统症状相对更受关注，有少数接种者出现较明显的头痛、眩晕等情况，但大多可自行恢复。
5. 胃肠道症状：二价疫苗接种后胃肠道不适如恶心、呕吐等情况较少。四价疫苗胃肠道症状发生率稍高，可能会有轻度恶心等表现。九价疫苗胃肠道反应可能更明显一些，部分人会出现呕吐、腹泻等症状，但持续时间一般不长。
HPV疫苗的二价、四价和九价在副作用方面存在一定差异，从局部反应到全身各系统症状都有不同程度的表现。但总体而言，这些副作用大多是轻微且自限性的。在接种HPV疫苗前，应充分了解相关信息，并在专业医生的指导下进行接种。若接种后出现严重不适症状，应及时就医。