指甲盖上有小坑可能由多种原因引起，如银屑病、斑秃、手部湿疹、甲癣、营养不良等。
1. 银屑病：这是一种常见的慢性炎症性皮肤病，可累及指甲。银屑病患者的免疫系统异常激活，导致皮肤细胞过度增殖和分化。在指甲部位，这种异常的细胞增殖会破坏指甲的正常结构，使得指甲表面出现小坑，通常表现为顶针样改变。治疗方面，可使用卡泊三醇、他扎罗汀、甲氨蝶呤等药物，但需遵医嘱。
2. 斑秃：是一种突然发生的局限性斑片状脱发，部分患者也会出现指甲改变。斑秃的发病机制与自身免疫、遗传、精神因素等有关。免疫系统错误地攻击毛囊和指甲的生长组织，导致指甲出现小坑。治疗时可选用米诺地尔、泼尼松、环孢素等药物，具体用药要遵循医生建议。
3. 手部湿疹：是发生在手部的炎症性皮肤病，常与接触过敏原、刺激物等有关。手部皮肤长期处于炎症状态，会影响指甲的生长环境，导致指甲营养不良，出现小坑。治疗可使用氢化可的松、卤米松、他克莫司等药物，需在医生指导下使用。
4. 甲癣：俗称灰指甲，是由皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起的疾病。真菌在指甲内生长繁殖，会破坏指甲的角质层，使指甲表面变得粗糙、凹凸不平，出现小坑。治疗甲癣可使用伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等药物，使用时需遵医嘱。
5. 营养不良：当身体缺乏维生素A、维生素B族、钙、铁等营养素时，指甲的生长会受到影响。维生素A对维持皮肤和指甲的正常生长和分化起着重要作用；维生素B族参与身体的新陈代谢；钙是指甲的重要组成成分；铁参与血红蛋白的合成，对指甲的健康也有影响。缺乏这些营养素会导致指甲出现小坑等异常表现。改善营养不良需要均衡饮食，必要时可在医生指导下补充多维元素片、碳酸钙、硫酸亚铁等药物。
指甲盖上有小坑可能是由多种疾病或营养缺乏引起的。如果发现指甲出现异常，应及时关注自身健康状况，若症状持续不缓解或加重，建议到正规医院的皮肤科就诊，进行详细的检查和诊断，以便采取针对性的治疗措施。同时，保持健康的生活方式和均衡的饮食，对维护指甲的健康也非常重要。