指甲上有坑可能由营养不良、甲癣、银屑病、斑秃、外伤等因素引起，需根据不同病因采取相应措施。
1. 营养不良：当身体缺乏维生素A、维生素B族、钙、铁等营养素时，指甲的生长会受到影响，导致指甲上出现坑。日常饮食应注重营养均衡，多摄入富含这些营养素的食物，如胡萝卜、橙子、牛奶、瘦肉等。也可在医生指导下服用多维元素片、碳酸钙D3片、富马酸亚铁颗粒等药物进行补充。
2. 甲癣：这是一种由皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起的疾病。真菌在甲内生长繁殖，破坏甲板结构，使指甲表面变得凹凸不平出现坑。治疗上可外用阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等抗真菌药物，病情较重时还需口服伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等药物，但需遵医嘱使用。
3. 银屑病：是一种慢性、复发性、炎症性皮肤病，可累及指甲。银屑病累及指甲时，甲母质处的表皮细胞增殖加速，导致指甲出现点状凹陷等改变。治疗可使用糖皮质激素类药物，如卤米松乳膏、糠酸莫米松乳膏等，还可配合维A酸类药物如维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等。同时，光疗等物理治疗方法也有一定效果。
4. 斑秃：是一种突然发生的局限性斑片状脱发，部分患者可伴有指甲改变，出现指甲凹陷。治疗可外用米诺地尔酊，促进毛发和指甲生长。也可局部注射糖皮质激素，如曲安奈德注射液等。此外，患者要注意调整心态，避免精神紧张和焦虑。
5. 外伤：指甲受到挤压、碰撞等外伤后，甲母质受到损伤，新生的指甲可能会出现坑洼。这种情况一般不需要特殊治疗，随着指甲的生长，受损部分会逐渐被剪掉。但要注意保护指甲，避免再次受伤。
指甲上有坑的原因多样，不同原因的处理方法不同。若指甲出现坑洼情况，应及时观察症状变化，若持续不缓解或伴有其他不适症状，建议及时到正规医院的皮肤科就诊，明确病因后进行针对性治疗。同时，在日常生活中要注意保护指甲，保持指甲清洁，避免过度修剪指甲。