阴茎短小病因有遗传因素、内分泌紊乱、发育期间营养缺乏、肥胖以及某些疾病影响等。
1. 遗传因素：阴茎的大小及形态特征会受到遗传基因的控制与影响，如同身体其他器官一样，遗传在阴茎的发育中起到了基础性作用。如果家族中有阴茎短小的遗传倾向，后代出现阴茎短小的概率相对较高。
2. 内分泌紊乱：雄性激素分泌不足是导致阴茎短小的重要内分泌原因。雄性激素对阴茎的正常发育起着关键作用，在青春期，如果垂体、下丘脑等内分泌器官出现功能异常，导致雄性激素分泌减少，就会影响阴茎的正常生长发育，使其不能达到正常的大小。
3. 发育期间营养缺乏：在阴茎发育的关键时期，如青春期，如果营养摄入不足，特别是蛋白质、锌等重要营养素缺乏，会影响身体的整体发育，包括阴茎的发育。蛋白质是身体细胞的重要组成部分，锌对于激素的合成和代谢有重要作用，缺乏这些营养素可能导致阴茎发育迟缓。
4. 肥胖：肥胖人群体内脂肪含量较高，会使一部分阴茎埋藏于脂肪组织中，从外观上看阴茎显得短小。此外，肥胖还可能影响内分泌系统，导致雄性激素水平相对降低，进一步影响阴茎的发育。
5. 某些疾病影响：一些先天性疾病，如克氏综合征、卡尔曼综合征等，会影响生殖系统的正常发育，导致阴茎短小。另外，睾丸炎、隐睾症等后天性疾病，如果没有得到及时有效的治疗，也可能影响睾丸的功能，进而影响雄性激素的分泌和阴茎的发育。
对于阴茎短小的情况，如果是内分泌因素导致的，可以在医生的指导下使用十一酸睾酮、丙酸睾酮、甲睾酮等药物进行治疗，但必须严格遵医嘱。如果是其他原因导致的，可能需要采取手术等治疗方法。当发现阴茎发育异常时，应及时到正规医院男科或生殖健康科就诊。
了解阴茎短小的病因对于制定健康促进策略至关重要。通过认识遗传、内分泌、营养、肥胖和疾病等方面的因素，可以采取针对性的预防和治疗措施。在日常生活中，应注重营养均衡，保持健康的体重，及时治疗相关疾病。一旦发现阴茎发育问题，要及时就医，以保障生殖健康。