肚子两侧隐隐作痛可能由多种原因引起，如肠道疾病、泌尿系统疾病、生殖系统疾病、肌肉骨骼问题、精神心理因素等。
1. 肠道疾病：肠道易出现多种疾病，如肠炎，多因细菌、病毒感染或饮食不当引发，炎症刺激肠道黏膜，导致肚子两侧隐痛，还可能伴有腹泻、呕吐等症状；肠易激综合征也较为常见，其发病与精神因素、饮食、肠道感染等有关，患者肠道较为敏感，会出现肚子两侧疼痛，疼痛程度和时间不固定；肠道寄生虫感染也会造成肚子两侧隐痛，寄生虫在肠道内活动、繁殖，刺激肠壁，引发疼痛。治疗方面，肠炎可使用诺氟沙星、蒙脱石散、黄连素等药物；肠易激综合征可选用匹维溴铵、曲美布汀、双歧杆菌三联活菌等；肠道寄生虫感染常用阿苯达唑、甲苯咪唑、左旋咪唑等药物，具体用药需遵医嘱。
2. 泌尿系统疾病：泌尿系统结石是常见病因之一，当结石在输尿管内移动时，会刺激输尿管黏膜，引起肚子两侧隐痛，还可能伴有血尿、尿频、尿急等症状；泌尿系统感染，如肾盂肾炎、膀胱炎等，细菌感染泌尿系统，导致炎症反应，也会出现肚子两侧疼痛，同时可能伴有发热、腰痛等症状。对于泌尿系统结石，较小的结石可通过服用排石颗粒、肾石通颗粒、金钱草颗粒等药物促进排出；泌尿系统感染可使用左氧氟沙星、头孢克肟、阿莫西林等药物治疗，同样要遵医嘱用药。
3. 生殖系统疾病：女性的附件炎是常见原因，附件包括卵巢和输卵管，炎症刺激可导致肚子两侧隐痛，还可能伴有白带增多、月经不调等症状；盆腔炎也会引起肚子两侧疼痛，炎症累及盆腔内的组织和器官，疼痛可能在劳累、性交后加重。男性的前列腺炎、附睾炎等疾病，也可能导致肚子两侧出现牵涉痛。女性附件炎和盆腔炎可使用甲硝唑、阿奇霉素、氧氟沙星等药物治疗；男性前列腺炎可选用坦索罗辛、前列舒通胶囊、癃闭舒胶囊等，附睾炎可使用头孢呋辛、左氧氟沙星、红霉素等，用药均需遵医嘱。
4. 肌肉骨骼问题：长时间的剧烈运动或不正确的姿势，可能导致腹部肌肉拉伤或劳损，引起肚子两侧隐痛，一般有明确的运动或姿势不当史；腰椎间盘突出症患者，如果突出的椎间盘压迫神经，也可能导致肚子两侧出现放射性疼痛。对于腹部肌肉拉伤或劳损，可通过休息、热敷、按摩等方法缓解，也可使用云南白药膏、活血止痛膏、双氯芬酸二乙胺乳胶剂等药物；腰椎间盘突出症可采用牵引、理疗、针灸等方法治疗，必要时可使用布洛芬、塞来昔布、甲钴胺等药物，具体治疗应遵医嘱。
5. 精神心理因素：长期的精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪，可能影响神经系统对胃肠道的调节，导致胃肠道功能紊乱，出现肚子两侧隐痛的症状，同时可能伴有食欲不振、失眠等症状。治疗上可通过心理疏导、放松训练等方法缓解精神压力，也可在医生指导下使用谷维素、维生素B1、帕罗西汀等药物。
肚子两侧隐隐作痛的原因较为复杂，涉及多个系统的疾病以及精神心理因素。当出现这种症状时，应及时关注自身情况，若疼痛持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时前往正规医院就诊，进行相关检查，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。